Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Sebi62g00105 ATGGCCACTTTAACCACTCTCCTACTGCTCTCATGCTTGCTATCTACCTTACTTTCAACACTACTGAAAGCAGATTCAACAAAGGTGCATAACGACCTGTCCGATATTCCAAGCTACATCCCCAAGAGACCCGACAATGTGATCATGAACACAATAGACTCGTGCTGGCGAACCAAAACAAATTGGGCTTCAAATCGCCAATCATTGGCAGATTGTGCAATTGGCTTTGGCAACGATGCTATTGGAGGGAAATATGGGGACATATATGAAGTCACTGATCCCTCTGATGACCCTGACATGGTTATCACTCTCAAGAACGAGCTTATTATGAATAGCTATAAGACCATTGATGGGAGAGGAGCTAAGGTGGAGATTGCAAATGGGCCTTGCATTACAATACAAGGTGTTAGCCATGTCATTATTCATGGAATCAGCATTCATGATTGTAAACCAGGTAAGGCTGCAATGGTGAGGAGCACTACTGAACATGTTGGGTATCGTGGAGGCTCTGATGGAGATGCCATTAGCATTTTTGCTTCCTCCAATATATGGATTGATCATTGCTTTTTGGCTCGTTGCACTGATGGTCTCATTGATGTTATTCATGCCTCAACTTCTGTCACCATCTCAAACAATTACTTCACCCAGCATGACAAAGTGATGCTGCTAGGACACAGTGATGAATACAGCGCGGATAGAATAATGAAAGTAACAGTAGCTTTTAACCGTTTTGGCAGTGGCCTAATAGAAAGGATGCCAAGGGTAAGATTTGGCTATGCCCATGTGGTCAACAACCGATATGACGAGTGGCTCATGTATGCCATTGGTGGCAGTGCCGATCCAACAATTTTCAGTGAAGGGAACTATTTTATAGCTTCCAATGATTCTGCTGCAAAACAGGTTACCAAGAGGGAAAGTAGTGAAAAGTGGAATGATTGGAAATGGAGGACTTTTCGGGATGAATTCTTAAACGGTGCTTATTTTGTGCCATCTGGGTATGGAAGTTGCACCCCATTCTATTCCTCTGCTCAAAACTTTGTCGCGGCAGAGGCATCCATGGTGCCTTTGTTAACTCTCAATGCAGGGCCATTGGATTGTGATGTTAACAAAGCGTGTTAA 1119 0.4352 MATLTTLLLLSCLLSTLLSTLLKADSTKVHNDLSDIPSYIPKRPDNVIMNTIDSCWRTKTNWASNRQSLADCAIGFGNDAIGGKYGDIYEVTDPSDDPDMVITLKNELIMNSYKTIDGRGAKVEIANGPCITIQGVSHVIIHGISIHDCKPGKAAMVRSTTEHVGYRGGSDGDAISIFASSNIWIDHCFLARCTDGLIDVIHASTSVTISNNYFTQHDKVMLLGHSDEYSADRIMKVTVAFNRFGSGLIERMPRVRFGYAHVVNNRYDEWLMYAIGGSADPTIFSEGNYFIASNDSAAKQVTKRESSEKWNDWKWRTFRDEFLNGAYFVPSGYGSCTPFYSSAQNFVAAEASMVPLLTLNAGPLDCDVNKAC 372
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Sebi62g00105 372 Coils Coil 369 372 - -
Sebi62g00105 372 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 72 89 IPR018082 -
Sebi62g00105 372 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 343 366 IPR018082 -
Sebi62g00105 372 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 251 270 IPR018082 -
Sebi62g00105 372 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 273 292 IPR018082 -
Sebi62g00105 372 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 313 337 IPR018082 -
Sebi62g00105 372 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 171 192 IPR018082 -
Sebi62g00105 372 Pfam Pectate lyase 106 290 IPR002022 -
Sebi62g00105 372 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 49 363 IPR011050 -
Sebi62g00105 372 SMART amb_all 99 296 IPR002022 -
Sebi62g00105 372 Gene3D - 49 365 IPR012334 -
Sebi62g00105 372 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 44 370 IPR045032 GO:0030570
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Sebi62g00105 Sebi-Chr62 1126286 1127781 Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Sebi62g00105 6 372 Polysaccharide Lyase AT4G22080 62.850 0.0 510
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Sebi62g00105 K01728 - gmx:100803229 615.15