Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Sebi562g00017 ATGGGCATGGTAGGAAGTGCGACTAAGGTTACCTTTATCTTGTTGGTAACTTTTGCCATTACCATTCCATGCCTTGAGGCTGGCATTGCTGCGTTCGATGATTTTCTCAAATCTCAAGCTGAGGAAGCTCATAAACTTGCTCTTGCTTCCTACGTGCCAAGCCCTGAAGATATTACGGATGAACTCAATCTACACGTTCATTTGGCATTAAATAGCACAAGGAGAGAACTAAGGTCAAAACGTAAAAGAGGACCATGTGAGGCCTCCAACCCCATTGACAAATGTTGGAGGTGCAAGAAAAACTGGGCCAAACATAGGTTTAGATTGGCCAAATGTGGCAAAGGTTTTGGAAGAAGGGCCACAGGAGGGCTTGGAGGTCCAATCTATGTGGTGACTGATTCATCTGATGATCACATGGTGAACCCTAAACCTGGGACTCTTCGTTTTGGTGTTGTCCAAAAGGGTCCATTGTGGATCATCTTTAAACGCAGCATGGTCATCACATTGAAGAATGAGTTGTTGGTTTCCTCAGACAAGACCATTGATGGTCGTGGAGCCAATGTTATGATTAGGGATGGTGCTGGCATCACCATGCAATTTGTCAATAATGTCATCATCCATGGCCTTCGCATAAAGAACATCAAAGCTAAGCCAGGTGGCCTTATAAGGGACTCTTGGAACCATGTTGGACTAAGAACAAGGAGTGATGGTGATGCCATCTCCATTTTTGGATCCTCAAACATTTGGATTGATCATCTTTCCCTCTCTCAATGTGAGGATGGTCTTGTTGACATTATCCAAGGTTCCACTGCCATCACCGTCTCAAATTGCCACATGACCAAACATAACGATGTGATGTTGTTTGGAGCTAGTGATTCCTACAATGGGGATAAGATTATGCAAGTGACGGTGGCATTCAACCATTTTGGTCAAGGATTGATTCAGAGGATGCCTAGGTGTAGATGGGGTTTTGTGCATGTTTTGAACAATGATTACACTCACTGGATGATGTATGCAATTGGTGGTAGCTCAGGGCCAACAATTCTAAGTCAAGGAAATCGGTTCATTGCACCTAACAATGATGCTGCAAAAGAGATCACACATAGAGACTATGCAACGCCAGAAGTGTGGAAGAATTGGCAATGGACATCAGAGATGGACCTATTCATGAATGGTGCCAAGTTTACTGCATCTGGTGCACCTATTAATAAGCATTCATACAAAAAAGGGTTCATGATGAAACCAAGAGATGGAACCCATGTTAGTAGGTTAACAAGGTATACTGGTGCCCTTCCTTGCAAGCAGTTTCATACTTTCATCTTCACTGGCGGCTTAGAAATAGAAGTTGACGATTTGGCTAGCTTCGATCTCAACAAAGCACTTTTGTTGACGTCGGAGTGGTACTCTGTGGTCTCGTTCATCTTCGAGTTGGTGGCTTCATACCCGGCCGAGAAATTTCCGGTTGCTGGAAAGCCCTTCCATGTGGAGTGA 1491 0.4413 MGMVGSATKVTFILLVTFAITIPCLEAGIAAFDDFLKSQAEEAHKLALASYVPSPEDITDELNLHVHLALNSTRRELRSKRKRGPCEASNPIDKCWRCKKNWAKHRFRLAKCGKGFGRRATGGLGGPIYVVTDSSDDHMVNPKPGTLRFGVVQKGPLWIIFKRSMVITLKNELLVSSDKTIDGRGANVMIRDGAGITMQFVNNVIIHGLRIKNIKAKPGGLIRDSWNHVGLRTRSDGDAISIFGSSNIWIDHLSLSQCEDGLVDIIQGSTAITVSNCHMTKHNDVMLFGASDSYNGDKIMQVTVAFNHFGQGLIQRMPRCRWGFVHVLNNDYTHWMMYAIGGSSGPTILSQGNRFIAPNNDAAKEITHRDYATPEVWKNWQWTSEMDLFMNGAKFTASGAPINKHSYKKGFMMKPRDGTHVSRLTRYTGALPCKQFHTFIFTGGLEIEVDDLASFDLNKALLLTSEWYSVVSFIFELVASYPAEKFPVAGKPFHVE 496
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Sebi562g00017 496 Pfam Pectate lyase, N terminus 29 77 IPR007524 GO:0030570
Sebi562g00017 496 Gene3D - 89 432 IPR012334 -
Sebi562g00017 496 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 136 161 IPR018082 -
Sebi562g00017 496 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 380 404 IPR018082 -
Sebi562g00017 496 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 338 357 IPR018082 -
Sebi562g00017 496 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 410 433 IPR018082 -
Sebi562g00017 496 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 172 188 IPR018082 -
Sebi562g00017 496 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 112 129 IPR018082 -
Sebi562g00017 496 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 236 257 IPR018082 -
Sebi562g00017 496 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 316 335 IPR018082 -
Sebi562g00017 496 Pfam Pectate lyase 171 355 IPR002022 -
Sebi562g00017 496 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 43 435 IPR045032 GO:0030570
Sebi562g00017 496 SMART amb_all 164 361 IPR002022 -
Sebi562g00017 496 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 90 430 IPR011050 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Sebi562g00017 Sebi-Chr562 380770 384425 Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Sebi562g00017 14 434 Polysaccharide Lyase AT5G15110 54.031 1.44e-178 508
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Sebi562g00017 K01728 - gmx:100785801 723.391