Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Sebi44g00053 ATGGAGGTTGCTTTTTCTGCTTCTGCTAAATGGGTCCTCAATGTCTGCTTCTTGTTGCTTCTTGTGTCACTCATTGGAGAAGAAGCCATGGCCACACCACAGATCTCTCTGCTCAGGAATGTTGAAGTTGAATCACACAGGTTGCAGAGCTTCAACGACTCATCAATGGCGGCAAGGGCAAAAGAGGCTGAGAAATTGAATGAGGGTGCTGCGGTGGCTAACCCAGAAGAGGTGGCTTCTATGGTTGAAATGAACATCCAGAATAGCACTGAAAGAAGAAAGCTTGGATTTTTCTCCTGTGGAACTGGTAACCCCATTGATGATTGCTGGCGTTGTGAGCCCAATTGGCAACGTAACAGGAAGCGCCTTGCAGATTGTGGTATTGGTTTTGGTAGAAATGCCATTGGTGGCCGTGATGGAAAGTTCTATGTTGTTACTGACCCAAGAGATGATGACCCTGTTAACCCCAAACCTGGAACTTTGCGCCATGCTGTTATCCAAGACAGGCCCCTATGGATTGTGTTCAAGAGGGACATGGTTATACAGTTGAAGCAAGAGCTCATTGTGAATAGCTTCAAGACCATTGATGGAAGAGGAGCTAATGTCCATATTGCTAATGGAGGGTGCATCACAATCCAGTATGTTACCAATGTCATCATTCATGGCCTTCACATCCATGACTGCAAACCCACTGGAAATGCCATGGTGAGGAGCTCCCCAACACACTTTGGATGGAGAACAATGGCTGATGGAGATGCTGTCTCCATATTTGGCTCAAGTCATATTTGGGTTGATCACAATTCCTTGTCCCATTGTGCTGATGGTCTTGTGGATGCTGTCATGGGCTCAACAGCTATAACAATTTCTAACAACCACTTCACCCACCACAATGAGGTGATTCTGCTGGGCCACAGTGACTCTTACACAAGAGACAAACAAATGCAAGTGACCATTGCATATAACCATTTTGGAGAGGGACTTATCCAGAGAATGCCACGGTGTAGACATGGATATTTCCATGTGGTGAACAATGACTACACTCACTGGGAGATGTATGCTATTGGTGGAAGTGCTAACCCCACCATTAACAGCCAGGGAAATAGATACAATGCTCCAGTTAACCCTTTTGCCAAGGAGGTAACTAAGAGAGTTGAAACAGCTGAAAGTCAGTGGAAAGGTTGGAATTGGAGGTCAGAGGGAGATTTGTTGCTGAATGGTGCTTACTTCACCCCATCAGGAGCTGGAGCCTCAGCCAGTTATGCAAGGGCATCTAGCTTAGGAGCTAAATCATCTTCTATGGTTGGTGCCATGACTTCAAATGCTGGTGCACTTGGTTGCCGCAGGGGGCGTCAATGCTAG 1359 0.4643 MEVAFSASAKWVLNVCFLLLLVSLIGEEAMATPQISLLRNVEVESHRLQSFNDSSMAARAKEAEKLNEGAAVANPEEVASMVEMNIQNSTERRKLGFFSCGTGNPIDDCWRCEPNWQRNRKRLADCGIGFGRNAIGGRDGKFYVVTDPRDDDPVNPKPGTLRHAVIQDRPLWIVFKRDMVIQLKQELIVNSFKTIDGRGANVHIANGGCITIQYVTNVIIHGLHIHDCKPTGNAMVRSSPTHFGWRTMADGDAVSIFGSSHIWVDHNSLSHCADGLVDAVMGSTAITISNNHFTHHNEVILLGHSDSYTRDKQMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSANPTINSQGNRYNAPVNPFAKEVTKRVETAESQWKGWNWRSEGDLLLNGAYFTPSGAGASASYARASSLGAKSSSMVGAMTSNAGALGCRRGRQC 452
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Sebi44g00053 452 Pfam Pectate lyase 184 367 IPR002022 -
Sebi44g00053 452 FunFam Pectate lyase 103 445 - -
Sebi44g00053 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 126 143 IPR018082 -
Sebi44g00053 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 423 446 IPR018082 -
Sebi44g00053 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 394 418 IPR018082 -
Sebi44g00053 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 250 271 IPR018082 -
Sebi44g00053 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 186 202 IPR018082 -
Sebi44g00053 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 150 175 IPR018082 -
Sebi44g00053 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 352 371 IPR018082 -
Sebi44g00053 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 330 349 IPR018082 -
Sebi44g00053 452 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 80 446 IPR011050 -
Sebi44g00053 452 Gene3D - 103 445 IPR012334 -
Sebi44g00053 452 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 72 450 IPR045032 GO:0030570
Sebi44g00053 452 SMART amb_all 178 375 IPR002022 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Sebi44g00053 Sebi-Chr44 1342664 1347148 Dispersed/Transposed
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Sebi44g00053 34 452 Polysaccharide Lyase AT4G13710 80.189 0.0 725
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Sebi44g00053 K01728 - gmx:100808253 843.188