Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Sebi435g00018 ATGCTACTCTTGCTATTTCTTGTACCCTCCTTCATTTGCTCTTCCCCACTTCAAGATCCTGAATTAGTAGTTGAAGAAGTACAAAAGAGCATTAATGCCTCAAGGAGAAACTTAGTATTTCTTTCTTGTGGTACTGGCAACCCTATTGATGATTGTTGGAGGTGTGACCCCAATTGGGAAAAGAATCGCCAGCGTTTAGCAGATTGTTCTATTGGTTTTGGTAAGCATGCAATTGGAGGCAGGGATGGTAAAATATATGTGGTAACTGACCCTGGTGATCACCCTGTGAATCCCAAGCCAGGAACTTTAAGATATGGTGTTATACAAGAAGAGCCATTGTGGATCATATTCAAGCGTGACATGGTGATTAAACTTAAGCAAGAGCTTATGATGAATTCTTTCAAAACTATTGATGGTAGAGGAGCAAATGTGCACATTGCTGGTGGACCTTGTATTACTATACAATTTGTTACTAATATTATCATTCATGGGATTAATATTCATGATTGCAAAAGGGGAGGGAATGCCTATGTGAGGGATTCCCCTACTCATTATGGTTTTAGGACTCTTTCAGATGGTGATGGGGTGTCAATTTTTGGTGGAAGTCATGTTTGGGTGGACCACTGTTCTCTCTCCAATTGCCGTGATGGACTAATTGATGTCATTCATGGATCTACAGCTATCACCATCTCCAACAATTATTTGACACACCATAACAAGGTCATGCTTTTGGGGCATAGTGATTCTTTTACTAGAGACAAGAATATGCAAGTCACCATTGCTTTTAACCATTTTGGAGAAGGACTAGTTCAGAGAATGCCAAGATGCAGGCATGGATACTTTCATGTGGTGAACAATGACTACACTCAATGGCAAATGTATGCCATAGGGGGGAGTGCTGCTCCAACTATTAACAGCCAAGGCAATAGATTTCTTGCTCCCAATGACATGACATTCAAAGAGGTCACAAAGAGGGAGAATGCACCACAGAGCCAATGGAAGAAGTGGAATTGGAGGTCTTCAGGAGATTTGATGTTAAATGGTGCCTTTTTTACAGCATCAGGTGCAGGTGCATCTTCAAGCTATGCCAGAGCATCAAGTTTGGCAGCAAAATCATCTTCTTTGGTCAGTTCTATCACAGCATCAGCTGGATCACTTAACTGCAGAAAGGGATCACGCTGCTGA 1185 0.4152 MLLLLFLVPSFICSSPLQDPELVVEEVQKSINASRRNLVFLSCGTGNPIDDCWRCDPNWEKNRQRLADCSIGFGKHAIGGRDGKIYVVTDPGDHPVNPKPGTLRYGVIQEEPLWIIFKRDMVIKLKQELMMNSFKTIDGRGANVHIAGGPCITIQFVTNIIIHGINIHDCKRGGNAYVRDSPTHYGFRTLSDGDGVSIFGGSHVWVDHCSLSNCRDGLIDVIHGSTAITISNNYLTHHNKVMLLGHSDSFTRDKNMQVTIAFNHFGEGLVQRMPRCRHGYFHVVNNDYTQWQMYAIGGSAAPTINSQGNRFLAPNDMTFKEVTKRENAPQSQWKKWNWRSSGDLMLNGAFFTASGAGASSSYARASSLAAKSSSLVSSITASAGSLNCRKGSRC 394
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Sebi435g00018 394 Gene3D - 46 387 IPR012334 -
Sebi435g00018 394 SMART amb_all 120 317 IPR002022 -
Sebi435g00018 394 FunFam Pectate lyase 46 387 - -
Sebi435g00018 394 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 31 388 IPR011050 -
Sebi435g00018 394 Pfam Pectate lyase 126 311 IPR002022 -
Sebi435g00018 394 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 294 313 IPR018082 -
Sebi435g00018 394 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 69 86 IPR018082 -
Sebi435g00018 394 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 192 213 IPR018082 -
Sebi435g00018 394 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 365 388 IPR018082 -
Sebi435g00018 394 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 92 117 IPR018082 -
Sebi435g00018 394 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 128 144 IPR018082 -
Sebi435g00018 394 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 336 360 IPR018082 -
Sebi435g00018 394 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 272 291 IPR018082 -
Sebi435g00018 394 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 19 392 IPR045032 GO:0030570
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Sebi435g00018 Sebi-Chr435 443503 445361 Dispersed/Tandem
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Sebi435g00018 1 394 Polysaccharide Lyase AT5G63180 76.692 0.0 631
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Sebi435g00018 K01728 - gmx:100816256 743.806