Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Sebi2g00189 ATGGAAGAGCATGAAAAAGAAGTAGGGTTATATTCAAATAGCACAAGGAGAGAATTAAGGCAAAAGAAAAAATACGGAGGACCATGCATAGCCACCAACCCAATTGACCGTTGTTGGAGGTGTAGGAAAAATTGGGCCACTGACCGCCAAAGGTTGGCAAAATGTGGCAAAGGTTTCGGAAGAAGGGCCGTCGGAGGACTCGGTGGCAGGATCTACGTCGTCACCGACGAATCCGACAACGACATGGTAAACCCTAAACCTGGGACTCTAAGGTATGGTGCCGTACAAAAAGGACCACTTTGGATCATTTTTGCACGTAGCATGGTGATTAAATTGAGGCAAGAATTGTTGGTCTCTTCTGACAAGACCATAGATGGTCGTGGAGCCAATGTTCAAATACGAGATGGTGCTGGCATTACCATGCAATTTGTCAACAATGTTATCATCCATGGCCTTCACATAAAAAAAGTTAGGTCTGCAAATGGTGGTATGATTAAGGATTCTTGGAACCATGTTGGACTAAGAACAAGGAGTGATGGTGATGCCATCTCTATTTTTGGCTCCTCAAACATTTGGATTGATCACCTTTCCTTGTCTGATTGTGAGGATGGTCTTGTTGATGTTATTCAGGGCTCTACCGCAGTCACCATCTCAAATTGCCACATGACCAAACACAATGATGTGATGTTGTTTGGGGCTAGTGATTCCTACAATGGGGACAAGATTATGCAAATTACAGTGGCATTCAACCATTTTGGTCAAGGATTGATTCAGAGAATGCCAAGATGTAGATGGGGTTTCTTCCATGTTTTGAACAATGACTACACTCATTGGTTGATGTATGCAATTGGTGGAAGCTCAGGGCCGACAATTCTTAGCCAGGGAAATCGTTTCATTGCACCAAACAACAATGCTGCTAAGGAGATCACACATAGAGACTACACAACACCAGCTGTGTGGTCCAGATGGCAATGGAGATCAGAGAATGACTTGTTCATGAATGGTGCAAAGTTTGTTGCCTCTGGAGCACCCATTGGTAAACTTCCATTCAACAAAGGTTTCCTAATGAAGCCAAGACCTGGATATCAAGCCAACAGGTTGACAAGGTTTGCTGGGACACTCAGTTGCAGGGTGGGTAGGCCTTGCTAG 1149 0.443 MEEHEKEVGLYSNSTRRELRQKKKYGGPCIATNPIDRCWRCRKNWATDRQRLAKCGKGFGRRAVGGLGGRIYVVTDESDNDMVNPKPGTLRYGAVQKGPLWIIFARSMVIKLRQELLVSSDKTIDGRGANVQIRDGAGITMQFVNNVIIHGLHIKKVRSANGGMIKDSWNHVGLRTRSDGDAISIFGSSNIWIDHLSLSDCEDGLVDVIQGSTAVTISNCHMTKHNDVMLFGASDSYNGDKIMQITVAFNHFGQGLIQRMPRCRWGFFHVLNNDYTHWLMYAIGGSSGPTILSQGNRFIAPNNNAAKEITHRDYTTPAVWSRWQWRSENDLFMNGAKFVASGAPIGKLPFNKGFLMKPRPGYQANRLTRFAGTLSCRVGRPC 382
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Sebi2g00189 382 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 79 104 IPR018082 -
Sebi2g00189 382 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 115 131 IPR018082 -
Sebi2g00189 382 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 281 300 IPR018082 -
Sebi2g00189 382 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 55 72 IPR018082 -
Sebi2g00189 382 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 323 347 IPR018082 -
Sebi2g00189 382 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 179 200 IPR018082 -
Sebi2g00189 382 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 259 278 IPR018082 -
Sebi2g00189 382 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 353 376 IPR018082 -
Sebi2g00189 382 Pfam Pectate lyase 113 298 IPR002022 -
Sebi2g00189 382 SMART amb_all 107 304 IPR002022 -
Sebi2g00189 382 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 14 376 IPR011050 -
Sebi2g00189 382 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 12 380 IPR045032 GO:0030570
Sebi2g00189 382 Gene3D - 32 375 IPR012334 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Sebi2g00189 Sebi-Chr2 4193320 4194765 Dispersed/Transposed
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Sebi2g00189 8 382 Polysaccharide Lyase AT5G15110 60.105 3.52e-175 494
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Sebi2g00189 K01728 - gmx:100780236 632.098