Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Sebi102g00025 ATGTTCCAGTTCTTGCTTCTTGCACCAGCTTTGATCTACTCTTCTCCTGTTCAAGATCCTGAATCAGTGGTCCAGGAAGTACAGAAGAGCATAAATGACCATAGAAGAAATTTGGGATTTTATTCTTGTGGGACGGGCAACCCAATTGATGATTGTTGGAGATGTGACCCCAATTGGGAAAGGAACCGCAAGCATCTAGCAGATTGTGCAATTGGGTTTGGAAAACATGCAATTGGAGGCAGGGATGGCAAATTTTATGTGGTTAGTGACCCTAGTGATAACCCTGTGAACCCCAAACCAGGCACATTAAGATATGGTGCTATCCAAGAAGAGCCTTTATGGATCATTTTCAAGCATGACATGGTGATTAAGTTAGAGATGGATCTCTTGATGAATTCTTATAAAACAATTGATGGCAGAGGAGCAAATGTCCACATTGCTGGAGGGCCTTGCATTAAGGTACAACGTAAGACCAACATCATAATTCATGGCATACACATACATGAATGCAAACGAGGTGGTAGTGGCTATGTGAGTGACTCTCCTAACCATCGTAGATGGAGAGTAAGATCGGATGGTGATGGGATAACAGTATTTGGTGGCAGCCATGTTTGGGTGGATCATTGCTCCTTGTCAAATTGTTTTGATGGCCTAATTGATGTTGTTCATGGATCAACTGCTATCACCATTTCCAATAATTACATGACACACCATAATAAAGTCATGCTATTGGGCCACAGTGATTCTTATGAAGCTGACAAGAAGATGCAAGTTACCATAGCATTCAACCATTTTGGAGAAGGGCTTGGTGGAAGAATGCCAAGGTGCAGGTTCGGATACTTCCATGTGGTGAACAATGATTACACCCATTGGCAACAGTACGCTATAGAGGGTGAGTGGAAGACATGGGATTGGAGGTCTGAAGGGGATCTAATGTTGAATGGTGCCTTCTTCACACCATCTGGAGCTGGAGCATCTTCTAAATATGATAAAGCGTCAAGCATGTCAGCAAGACCACCTATGCTTGTGGCTTCAATGACAGCAGGGGCTGGAGCCCTTAGATGCAAAAGGGGCTATATGTGTTACTAG 1089 0.4343 MFQFLLLAPALIYSSPVQDPESVVQEVQKSINDHRRNLGFYSCGTGNPIDDCWRCDPNWERNRKHLADCAIGFGKHAIGGRDGKFYVVSDPSDNPVNPKPGTLRYGAIQEEPLWIIFKHDMVIKLEMDLLMNSYKTIDGRGANVHIAGGPCIKVQRKTNIIIHGIHIHECKRGGSGYVSDSPNHRRWRVRSDGDGITVFGGSHVWVDHCSLSNCFDGLIDVVHGSTAITISNNYMTHHNKVMLLGHSDSYEADKKMQVTIAFNHFGEGLGGRMPRCRFGYFHVVNNDYTHWQQYAIEGEWKTWDWRSEGDLMLNGAFFTPSGAGASSKYDKASSMSARPPMLVASMTAGAGALRCKRGYMCY 362
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Sebi102g00025 362 Pfam Pectate lyase 131 296 IPR002022 -
Sebi102g00025 362 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 18 298 IPR045032 GO:0030570
Sebi102g00025 362 SMART amb_all 120 324 IPR002022 -
Sebi102g00025 362 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 32 355 IPR011050 -
Sebi102g00025 362 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 272 291 IPR018082 -
Sebi102g00025 362 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 128 144 IPR018082 -
Sebi102g00025 362 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 192 213 IPR018082 -
Sebi102g00025 362 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 69 86 IPR018082 -
Sebi102g00025 362 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 92 117 IPR018082 -
Sebi102g00025 362 Gene3D - 46 354 IPR012334 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Sebi102g00025 Sebi-Chr102 868098 871027 Tandem
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Sebi102g00025 1 361 Polysaccharide Lyase AT5G63180 64.912 0.0 515
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Sebi102g00025 K01728 - gmx:100801136 663.299