Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Rops6g00183 ATGGAGGTTTCTGCAAAATGGGTTTTCAATGTTTGCTTTGTTTTGCTTATGGTGTTGCTCATTGGTGAAGAAACCATTGCCACACCACAGATCTCTAACCTAAGGAATGTTGAGGTTGGATCACATAGGTTACAGAGCTTTAACGATTCATCAATGGCGGCAAGGGCAAAAGAGGCTGAGAAATTGAATGAACGTGCTGCAGCGGCTAACCCAGAAGAGGTGGCATCTATGCTTGAAATGAACATCCATAATGGCACAGAAAGAAGGAAGCTGGGATTTTTCTCCTGTGGAACTGGTAACCCAATTGATGATTGCTGGAGGTGTGACCCCAATTGGCAAAAAAACAGGAAGCGTCTTGCAGATTGTGGCATTGGGTTTGGTAGAAATGCCATTGGTGGTCGTGATGGCAAGTTCTATGTTGTCACTGACCCCAGAGATGATGACCCTGTGAACCCAAAACCTGGTACTTTGCGCCATGCTGTTATCCAGGACAGGCCTCTGTGGATTGTGTTCAAGAGGGACATGGTTATACAATTGAAGCAGGAACTCATTATGAACAGCTTCAAGACCATTGATGGGAGAGGAGCCAATGTCCACATTGCCAATGGAGGGTGCATTACAATTCAATATGTTACCAATGTCATCATTCATGGTCTACACATCCATGACTGCAAACCCACTGGAAATGCCATGGTGAGAAGCTCCCCAACACATTTTGGGTGGAGGACAATGGCTGATGGAGATGCCGTCTCCATATTTGGCTCAAGTCACATTTGGGTTGATCACAATTCCTTGTCTCATTGTGCTGATGGCCTTGTGGATGCTGTCATGGGCTCAACAGCTATTACAATTTCCAACAACCACTTCACCCACCACAATGAGGTGATTCTCCTGGGCCACAGTGACTCTTACACAAGAGACAAGCAAATGCAAGTGACCATCGCATATAACCATTTTGGAGAGGGACTTATCCAGAGAATGCCACGTTGTAGACATGGATATTTCCATGTGGTGAACAATGACTACACTCACTGGGAGATGTATGCTATTGGTGGAAGTGCTAGCCCCACCATCAACAGCCAGGGCAATAGATACAATGCTCCTGCTAACGCTTTTGCCAAGGAGGTGACTAAGAGAGTGGAAACAGCTGCAACTGAGTGGAAAGGTTGGAATTGGAGATCAGAGGGAGATTTGTTGCTGAATGGTGCTTACTTCACCCCATCTGGAGCTGGAGCTTCAGCCAGCTATGCCAGGGCCTCTAGCTTAGGAGCTAAATCTTCTACCATGGTTGGTTCCATGACTTCTAATGCTGGTGCACTTGGTTGCCGCAGAGGCCGTTCGTGCTAG 1347 0.467 MEVSAKWVFNVCFVLLMVLLIGEETIATPQISNLRNVEVGSHRLQSFNDSSMAARAKEAEKLNERAAAANPEEVASMLEMNIHNGTERRKLGFFSCGTGNPIDDCWRCDPNWQKNRKRLADCGIGFGRNAIGGRDGKFYVVTDPRDDDPVNPKPGTLRHAVIQDRPLWIVFKRDMVIQLKQELIMNSFKTIDGRGANVHIANGGCITIQYVTNVIIHGLHIHDCKPTGNAMVRSSPTHFGWRTMADGDAVSIFGSSHIWVDHNSLSHCADGLVDAVMGSTAITISNNHFTHHNEVILLGHSDSYTRDKQMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSASPTINSQGNRYNAPANAFAKEVTKRVETAATEWKGWNWRSEGDLLLNGAYFTPSGAGASASYARASSLGAKSSTMVGSMTSNAGALGCRRGRSC* 449
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Rops6g00183 448 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 146 171 IPR018082 -
Rops6g00183 448 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 348 367 IPR018082 -
Rops6g00183 448 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 419 442 IPR018082 -
Rops6g00183 448 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 390 414 IPR018082 -
Rops6g00183 448 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 326 345 IPR018082 -
Rops6g00183 448 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 182 198 IPR018082 -
Rops6g00183 448 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 246 267 IPR018082 -
Rops6g00183 448 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 122 139 IPR018082 -
Rops6g00183 448 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 63 446 IPR045032 GO:0030570
Rops6g00183 448 Pfam Pectate lyase 181 363 IPR002022 -
Rops6g00183 448 Gene3D - 99 441 IPR012334 -
Rops6g00183 448 FunFam Pectate lyase 99 441 - -
Rops6g00183 448 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 77 442 IPR011050 -
Rops6g00183 448 SMART amb_all 174 371 IPR002022 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Rops6g00183 Rops-Chr6 4320122 4325545 Transposed
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Rops6g00183 34 448 Polysaccharide Lyase AT4G13710 79.577 0.0 722
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Rops6g00183 K01728 - gmx:100808253 826.624
       

Event-related genes

Select Gene_1 Chr_1 Start_1 End_1 Gene_2 Chr_2 Start_2 End_2 Event_name
Rops6g00183 6 4320122 4325545 Rops6g00183 6 4320122 4325545 ECH