Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Rops5g01371 ATGGGCATGGGAGAAATAATGGTGGGAAGTGCAACAAAGGTTGTTTTTGTCCTCTTTGTTACTTTCACCACTATCATTCCATGCCTTGAGGCTGGCATTGGTGATTTTGATGATTATCTTAAAGCCCAAGCTGATGAAGCCCATAAAGTTGCTCTTGAATCCTACGTTCCAAGGCCTGAAGATGTTGCTGATGAGCTCAATTTCCATGTTCATTTGGCATTGGAGGGGACAAATAGCACAAGGAGGGACCTAAAGCAAAAACGAGGACCATGCAGGGCCACCAACCCCATTGACACTTGCTGGAGGTGCAGGCGAGACTGGGCCCAAGATAGGTTTAGGTTAGCCAAATGTAGTAAGGGCTTTGGAAGAAGGGCCACTGGTGGGCTTGGAGGCCCAATCTATGTGGTTACTGATGAGTCTGATGGAGAATTGGTCAACCCTAAACCTGGTACCCTCCGTTATGGTGTTGTCCAAAAGGGTCCATTATGGATCATCTTTGGACGTGACATGGTCATTAGATTGCAGCAAGAGTTGATGGTTTCCTCTGACAAGACCATTGATGGTCGTGGAGCCAATGTTCAAATTGTGGATGGTGCTGGTATCACCATGCAATTTGTGAACAATGTTATCATCCATGGTCTTCATATTAAGAACATTGTTCCTAAGGAAGGTGGCATGATAAGGGACTCTTGGAACCATGTTGGACAAAGGACTAGGAGTGATGGTGATGCTATCTCCATTTTTGGGGCTTCCAACATTTGGATTGATCATGTTTCCCTCTCTAATTGTGCTGATGGTCTTGTTGACATTATCCAAGGATCCACTGCCATCACCATCTCAAATTGCCACATGACCAGACATAATGATGTGATGTTGTTTGGAGCTAGTGACAGCTACAATGGAGATAAGATCATGCAAATAACAGTGGCATTCAACCACTTTGGTCAAGGATTGATTCAGAGGATGCCAAGGTGCAGATGGGGTTTTGTTCATGTTTTGAACAATGACTACACTCACTGGCAAATGTATGCAATTGGTGGTAGCTCATCGCCAACAATTCTAAGCCAAGGCAATAGGTTCATTGCTCCAGACAACACTGCTGCCAAGGAGATCACACATAGAGACTATGCAGGACCTGACGTGTGGAAGAATTGGCAATGGACATCAGAGATGGACTTGTTCATGAATGATGCTAAGTTTGTCCCATCCGGGACACCTATTAATACAGGAACATTCAAGAAAGGGCTAATGATGAAACCAAGAGATGGAACTCATGTCAGCAGGCTAACAAGGTTTTCTGGTGCCCTTAATTGCAGGGTTGGCAAGCCTTGTTAG 1335 0.4487 MGMGEIMVGSATKVVFVLFVTFTTIIPCLEAGIGDFDDYLKAQADEAHKVALESYVPRPEDVADELNFHVHLALEGTNSTRRDLKQKRGPCRATNPIDTCWRCRRDWAQDRFRLAKCSKGFGRRATGGLGGPIYVVTDESDGELVNPKPGTLRYGVVQKGPLWIIFGRDMVIRLQQELMVSSDKTIDGRGANVQIVDGAGITMQFVNNVIIHGLHIKNIVPKEGGMIRDSWNHVGQRTRSDGDAISIFGASNIWIDHVSLSNCADGLVDIIQGSTAITISNCHMTRHNDVMLFGASDSYNGDKIMQITVAFNHFGQGLIQRMPRCRWGFVHVLNNDYTHWQMYAIGGSSSPTILSQGNRFIAPDNTAAKEITHRDYAGPDVWKNWQWTSEMDLFMNDAKFVPSGTPINTGTFKKGLMMKPRDGTHVSRLTRFSGALNCRVGKPC* 445
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Rops5g01371 444 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 47 442 IPR045032 GO:0030570
Rops5g01371 444 SMART amb_all 169 366 IPR002022 -
Rops5g01371 444 Gene3D - 94 437 IPR012334 -
Rops5g01371 444 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 117 134 IPR018082 -
Rops5g01371 444 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 321 340 IPR018082 -
Rops5g01371 444 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 385 409 IPR018082 -
Rops5g01371 444 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 141 166 IPR018082 -
Rops5g01371 444 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 241 262 IPR018082 -
Rops5g01371 444 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 343 362 IPR018082 -
Rops5g01371 444 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 177 193 IPR018082 -
Rops5g01371 444 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 415 438 IPR018082 -
Rops5g01371 444 Pfam Pectate lyase, N terminus 33 84 IPR007524 GO:0030570
Rops5g01371 444 Pfam Pectate lyase 176 360 IPR002022 -
Rops5g01371 444 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 95 434 IPR011050 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Rops5g01371 Rops-Chr5 28427550 28430162 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Rops5g01371 15 444 Polysaccharide Lyase AT1G14420 56.250 0.0 518
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Rops5g01371 K01728 - gmx:100810615 747.273