Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Rops10g00437 ATGGCTTTCTTTGGTAGAGTTGGGAATATACTAAGGCAAGCAACCAATAGGAAGATCAGTTCAGAGTTGAGTTCATTGCCGACTGTTTCACAGGCTATTCGGTGCTTTTCGAACTCTCCGAATTCAAAGCTGTTTATAGGAGGTGTTTCATATTCTACTGATGAGCAAAGTTTAAGGGAAGCTTTTTCAAAATATGGTGAAGTTGTTGATGCAAGGATAATTATGGATCGCGAAACTGGTAGGTCCAGAGGATTTGGCTTTATTACTTACAGCACTGTTGAGGAGGCATCAAGTGCCCTTCAGGCCTTGGATGGACAGGATCTGCATGGTCGCCGGGTTATGGTAAATTTTGCCAATGAAAGACCCCGAGGATTTGGTGGTGGTGGTTTTGATGGATCCTATGGCAACGCTTCCTATGGTACTGGAGGCACTGGATATCCTGGTGGTTATGGTAATTCTCCATATGGTGCTGCTTCAAGTGGTGGTGGGTATGGTGATGCTGGTGGCTATGGTGGCAATGTTTCTGGAGGTTATGGTAGCGGTACGTATGGTGGAGGTGGCTATGGATCAGGTAGCAATTTTGGGGACAGCAGCTCTGGCAATAACTACGGCACTGATGCCAATACTAGAAATGCTGATGGTGGTTACAGTGGAAGTGGAATGAATTATGGGAATGATGGTAGCTTTGCAAGTGGAAACACTTACAATGAAGGAACTAGTGGAGGTTATGGTGGTAAGAATTATGGTGCTGCTGTAGGTGGTGGAGAAAGTAATACTGTTAACTATGGTAGTGCTCCTGCTGGTGGTTATGGTAATGGTGTTGCTGCTGGCAGTGGTGCTGCTGATGGTGGCAGCAACAGTTTTGCCGGTAGCCAATACCCCGGAAGTGCCACCGGGTATGGCAGTGGTGGTACAGGTACTGGTGGCAGTGGCTTTGCTGGTGGATATGGTAACTATGGTGTTGCTTCTGGCAGTGATAACAATTTTAGTGCTGGTGATGGTGGCGGAAACAGTTTTGCTGGTAGTCAATACCCCGGAAGTGCCACCGGGTATGGCAGTGGTGGTACAGGGACTGGTGGCAGTGGCTTTGCTGGTGGATATGGTAACTATGGTGTTGCTTCTGGCAGTGATAACAATTTTAGTGCTGGTGATGGTGGCGGAAACAGTTTTGCTGGTAGTCAATACCCCGGAAGTGCCACCGGGTATGGCAGTGGTGGTACAGGTACTGGTGGCAGTGGCAGTGGCTTTGCTGGTGGATATGATGGAAGTGGAGGATTGGGATATGGCAGTAGTGGCCAACTGGATAACAATCAAAGCAGCAATGTGGCTCAAGATTTTAGTGGAGAAAATTTCAGGAATGATCATGTTGGAACTGGTGCATTTGCTAAACAGGCTTGA 1398 0.475 MAFFGRVGNILRQATNRKISSELSSLPTVSQAIRCFSNSPNSKLFIGGVSYSTDEQSLREAFSKYGEVVDARIIMDRETGRSRGFGFITYSTVEEASSALQALDGQDLHGRRVMVNFANERPRGFGGGGFDGSYGNASYGTGGTGYPGGYGNSPYGAASSGGGYGDAGGYGGNVSGGYGSGTYGGGGYGSGSNFGDSSSGNNYGTDANTRNADGGYSGSGMNYGNDGSFASGNTYNEGTSGGYGGKNYGAAVGGGESNTVNYGSAPAGGYGNGVAAGSGAADGGSNSFAGSQYPGSATGYGSGGTGTGGSGFAGGYGNYGVASGSDNNFSAGDGGGNSFAGSQYPGSATGYGSGGTGTGGSGFAGGYGNYGVASGSDNNFSAGDGGGNSFAGSQYPGSATGYGSGGTGTGGSGSGFAGGYDGSGGLGYGSSGQLDNNQSSNVAQDFSGENFRNDHVGTGAFAKQA* 466
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Rops10g00437 465 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 42 120 IPR000504 GO:0003723
Rops10g00437 465 MobiDBLite consensus disorder prediction 429 448 - -
Rops10g00437 465 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 87F-RELATED 5 337 - -
Rops10g00437 465 Gene3D - 7 136 IPR012677 -
Rops10g00437 465 SMART rrm1_1 43 116 IPR000504 GO:0003723
Rops10g00437 465 MobiDBLite consensus disorder prediction 427 465 - -
Rops10g00437 465 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 44 113 IPR000504 GO:0003723
Rops10g00437 465 FunFam Glycine-rich RNA-binding protein 3, mitochondrial 12 146 - -
Rops10g00437 465 CDD RRM2_NsCP33_like 43 118 - -
Rops10g00437 465 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 36 149 IPR035979 GO:0003676
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Rops10g00437 Rops-Chr10 11939463 11942704 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Rops10g00437 44 122 C2H2 Transcription Factor Family AT2G19380 34.177 2.64e-11 63.9
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Rops10g00437 K12741 - ccaj:109815980 235.728