Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Pumo10g02236 ATGGCTTTCTTTGGTAGAGTTGGGAATATACTGAGACAAGCAACGAATAGGAAGATCAGTTCAGAGTTATGTTCTTCCCCATCTGTTTTCCAGGCTACACGGTGCATGTCAAATGCTCCAAATTCAAGGCTGTTTATAGGAGGTGTTTCGTATTCTATTGATGAGCAAAGTTTGAGGGAAATTTGTTCACAATACGGCCAAGTTGTTGATGCAAGGATGGTTATGGATCGTGAAACTGGTAGGCCCAGAGGATTTGGTTTTATCACTTACAGTACAGTTGAGGAGGCATCAAATGCCCTTCAGGCCTTGGATGGACAGGATCTTCACGGTCGTCGGGTTAAGGTAAATTTTGCTATTGAAAGACCCCGTGGATTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGCTTTGATGGATCTTATGGCAATACTCCCTATGGTGCTGGAGCTGGCACTGGATATCCAGGTAGTTATGGCAACACTCCATATGGTGCTGCAAGTGGTGGGTATGGTAATACTGGTGGTGGCAATGCTGTTGGAGGCTATGGCAGTGGTGGATATGGTGGAGGTGGCTATGGATCGGGTGGCAATTTTGGGGGAAGCGGCTTTGGCAATAACTATAGCGATGCTGGTGCCCATGCTGGCAATGCTGCTGGAGGTTATGGCAACAGTGGATATGGTGGAGGATCTAGCAGTGATGCTGGTGTCTATGGTAGCAATGCTGCTGGAGGTTATGGCACTGGTGGATATGGTGGAGGATCAGGTGGCAGTTTTGGGGACAGCAGCTCTGGCAAAAACTATGGTGATGCTAGTGCCTATGGTGGCAATGCTGCTGGAGGTTATGGCAGCGGTGGAGGATCAGGTGCTGATGCTGGTGCCAATGGTAGCAATGCTGCTGGAAGTTATGGCAGTGGTGGATATGGTGGAGGATCAGGTGGCAGTTTTGGGGACAGCAGCTCTGGCAAGAACTATGGTGATGCTGGGACCTATGGTGGCAATGCTGCCAGAGGTTACGGCAGCAGTGGATATGGTGGAGGATCAGTTGGCAGTTTTGGGGACAGCAGCTCTGGCAATAACTATGGTGCTGGAGGTGGTTACAATGGAAGTGGAACCAGTTATGGGAATGCTGGTAACTTTACAAGCAGTAAAACTTACAATGATGGAATAGCTGGAGGTTATGGTGGTAACAGTGGGAATTATGGTGCTGCTGTGGGTAGTGAAGGTAATACCAGTGACTATGGTAGTGCTCCTGGTAGTGGTTATGGTAGCTATGGTGCTGCTGCTGCCGGATTTGGCAAGAATAATAATTATGACAGTTCTGCAGGACTTGGTAGTGGTGGTAGCTACGGTAGTACTGCTGCTGGTGGCAGCCAAAGTTTTTCCGGTAGTCAACACCCTGGAAGTGCCACGGCGAATGCTAGTGATGGTACAGGCACTGGCAGTGGCTTTGCTGGTGGATATAATGGCAGCAGTGGCCAATTTGGTAGCAATCAAAGCAGCAATGTGGGTCAACATGGTGGAGATTTTGGAGGCTCGTTTGAAGAAAATTTCAGGAATGACAATTATGAAAATGATGCCTTTGCAGGAAGGGCTTGA 1584 0.4874 MAFFGRVGNILRQATNRKISSELCSSPSVFQATRCMSNAPNSRLFIGGVSYSIDEQSLREICSQYGQVVDARMVMDRETGRPRGFGFITYSTVEEASNALQALDGQDLHGRRVKVNFAIERPRGFGGGGGGGFDGSYGNTPYGAGAGTGYPGSYGNTPYGAASGGYGNTGGGNAVGGYGSGGYGGGGYGSGGNFGGSGFGNNYSDAGAHAGNAAGGYGNSGYGGGSSSDAGVYGSNAAGGYGTGGYGGGSGGSFGDSSSGKNYGDASAYGGNAAGGYGSGGGSGADAGANGSNAAGSYGSGGYGGGSGGSFGDSSSGKNYGDAGTYGGNAARGYGSSGYGGGSVGSFGDSSSGNNYGAGGGYNGSGTSYGNAGNFTSSKTYNDGIAGGYGGNSGNYGAAVGSEGNTSDYGSAPGSGYGSYGAAAAGFGKNNNYDSSAGLGSGGSYGSTAAGGSQSFSGSQHPGSATANASDGTGTGSGFAGGYNGSSGQFGSNQSSNVGQHGGDFGGSFEENFRNDNYENDAFAGRA 527
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Pumo10g02236 527 MobiDBLite consensus disorder prediction 449 502 - -
Pumo10g02236 527 SMART rrm1_1 43 116 IPR000504 GO:0003723
Pumo10g02236 527 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 42 120 IPR000504 GO:0003723
Pumo10g02236 527 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 38 145 IPR035979 GO:0003676
Pumo10g02236 527 Gene3D - 13 137 IPR012677 -
Pumo10g02236 527 MobiDBLite consensus disorder prediction 449 527 - -
Pumo10g02236 527 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 44 114 IPR000504 GO:0003723
Pumo10g02236 527 PRINTS Eggshell protein signature 127 138 - -
Pumo10g02236 527 PRINTS Eggshell protein signature 241 251 - -
Pumo10g02236 527 PRINTS Eggshell protein signature 212 227 - -
Pumo10g02236 527 PRINTS Eggshell protein signature 280 298 - -
Pumo10g02236 527 PANTHER TRANSFORMER-2-RELATED 31 122 - -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Pumo10g02236 Pumo-Chr10 31086618 31090846 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Pumo10g02236 40 121 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT3G16380 42.353 2.52e-09 57.8
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Pumo10g02236 K12741 - gmx:100801928 302.753