Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Pte6g00258 ATGGAGCTTTATGTGAGATGGTTCTCTGTTAGATCAATGCTGTTTGTGGCACTGTTTTTCATTAGTGTCAAGGCACGGGATCATGTTCATGTCAATGAGGTTCCTGTACAGTCAAGGTATCTGGGGAGAGACGAGTTGCAGAGCTCTGTGAATTCAACAATGGCGGACAGGTCAAAAGCTGAAGTATGGAATGAACATGCAGTTGACAATCCAGAGGAAATAGCAGCAATGGTTCAAATGAGCATTCATAACAGCACCGAGAGAAGGAAGTTAGGATTCTTCTCATGTGGGACTGGTAACCCCATTGATGACTGCTGGCGCTGTGACCGGCTTTGGTACCTTCGACGAAAGCGGTTAGCTGATTGCTCCATCGGATTCGGTCGCAACGCCATTGGTGGCCGTGATGGCAAGTACTATGTTGTCAGTGATCCTGGTCATGACGACGCTGTGAACCCCAGACCAGGGACACTGCGCCATGCTGTCATTCAGGACAGACCCCTGTGGATCGTGTTCAAAAGGGACATGGTGATCACATTGAAACAAGAGTTGATAATGAACAGCTTTAAGACCATTGATGCTCGTGGTGTCAATGTGCACATCGCTTATGGTGGCTGCATTACTATTCAATATGTTACCAATATTATCATTCATGGCCTGCACATCCATGATTGCAAACCAACTGGCAATGCCATGGTACGTAGCTCACCTACTCATTATGGATGGAGGACTATGGCTGACGGTGATGCGATTTCTCTCTTCGGTGCAAGCCATGTTTGGATTGATCATAACTCACTCTCCAACTGCGCTGATGGTCTTGTTGATGCTATTATGGGGTCTACTGCCATTACCATTTCTAATAACTACTTTACGCATCACAATGAGGTGATGCTTTTGGGTCATAGTGACTCCTATGTAAGGGACAAGCTTATGCAAGTAACCATTGCCTACAACCATTTTGGGGAGGGTCTAATTCAAAGAATGCCAAGATGCAGACATGGATATTTCCATGTGGTAAACAACGACTACACACATTGGGAGATGTATGCAATTGGCGGCAGTGCTAATCCCACCATTAATAGCCAGGGCAATCGCTACCTTGCCCCAAATAATGCTTTTGCAAAAGAGGTGACCAAGAGGGTTGAGGATACATCAGCCAGGGTATGGAAAAACTGGAATTGGAGATCTGAAGGAGACCTATTTTTGAATGGAGCCTATTTCACATCCTCAGGAGCTGGTGCTGGTGCAAGTTATGCCAGGGCTTCTAGTTTAGCTGCCAAATCATCTTCACTAGTTGGCACCCTCACCTCTGGTGCTGGTGTACTCAACTGTCGCAAGAGATACATGTGTTGA 1350 0.4615 MELYVRWFSVRSMLFVALFFISVKARDHVHVNEVPVQSRYLGRDELQSSVNSTMADRSKAEVWNEHAVDNPEEIAAMVQMSIHNSTERRKLGFFSCGTGNPIDDCWRCDRLWYLRRKRLADCSIGFGRNAIGGRDGKYYVVSDPGHDDAVNPRPGTLRHAVIQDRPLWIVFKRDMVITLKQELIMNSFKTIDARGVNVHIAYGGCITIQYVTNIIIHGLHIHDCKPTGNAMVRSSPTHYGWRTMADGDAISLFGASHVWIDHNSLSNCADGLVDAIMGSTAITISNNYFTHHNEVMLLGHSDSYVRDKLMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSANPTINSQGNRYLAPNNAFAKEVTKRVEDTSARVWKNWNWRSEGDLFLNGAYFTSSGAGAGASYARASSLAAKSSSLVGTLTSGAGVLNCRKRYMC* 450
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Pte6g00258 449 SMART amb_all 174 371 IPR002022 -
Pte6g00258 449 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 76 444 IPR011050 -
Pte6g00258 449 Pfam Pectate lyase 194 363 IPR002022 -
Pte6g00258 449 FunFam Pectate lyase 99 442 - -
Pte6g00258 449 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 70 445 IPR045032 GO:0030570
Pte6g00258 449 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 246 267 IPR018082 -
Pte6g00258 449 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 326 345 IPR018082 -
Pte6g00258 449 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 122 139 IPR018082 -
Pte6g00258 449 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 420 443 IPR018082 -
Pte6g00258 449 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 391 415 IPR018082 -
Pte6g00258 449 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 182 198 IPR018082 -
Pte6g00258 449 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 146 171 IPR018082 -
Pte6g00258 449 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 348 367 IPR018082 -
Pte6g00258 449 Gene3D - 99 442 IPR012334 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Pte6g00258 Pte-Chr6 2697046 2700740 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Pte6g00258 38 450 Polysaccharide Lyase AT4G13710 77.619 0.0 679
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Pte6g00258 K01728 - mnt:21398282 718.768