Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Pte3g01595 ATGGCAATGTCTTGGAAATGTTTCCGTGCTTGTTTGATTGTGCTTGTGCTGTTACTCGTTGGAGCAATGGGTACGGTGCAGAAACATCAGATCTCTCAGTTCAGTGAAGCAGAGCACTCGCAGCGCAGCTTTAGCAACTCATCCATGGCGGCAAGGATTAAACAGGTCGAGGAATTAAATGAACATGCTGTGCAGGACCCAGAAGAGGTGATTTCACTGGTTGAAATGAGGATTCAGAATAGCACAGCTAGGAGGAATTTGGGATTTTTCTCTTGTGGAACTGGGAATCCAATAGATGACTGCTGGCGCTGCGATTCCAATTGGCAACATAACAGGAAACACCTTGCAGACTGTGGCATTGGCTTTGGTAGGAACGCTGTCGGCGGCCGTGATGGTCGCTTCTATGTTGTCACTGACCCTGGCGATGATGATCCTGTTAACCCTAGACCTGGTACTCTGCGCCATGCTGTCATTCAGGATAGACCTCTTTGGATTGTTTTTAAAAGAGACATGGTGATACAATTGAAGCAGGAACTCATTGTGAACAGCTTTAAGACCATTGATGGTCGTGGTGTTAATGTCCATATTGCTAATGGGGCGTGCATCACAATTCAATATGTCACTAACATCATCATTCATGGTTTGCACGTTCATGACTGCAAACCCACTGGCAATGCTATGGTGAGGAGCTCGCCAACTCACTATGGATGGAGAACTATGGCTGATGGTGATGCGATCTCCATATTTGGATCCAGCCATATTTGGATCGATCATAATTCTCTATCGAATTGCGCAGACGGTCTCGTTGATGCTGTCATGGGCTCAACTGCAATTACCATTTCTAACAATCATATGACCCACCACAATGAGGTGATGCTGTTGGGCCACAGTGATTCTTACACGAGAGATAAGCTGATGCAAGTAACAATTGCTTACAACCATTTTGGACAAGGACTTATCCAGAGAATGCCTAGGTGTAGACATGGGTATTTCCATGTGGTGAACAATGACTACACTCATTGGGAGATGTACGCCATTGGCGGAAGTGCAGAACCAACAATCAACAGTCAGGGTAATAGATATGCCGCCCCAGCTAATCCCTTTGCTAAGGAGGTAACAAAAAGAGTGGAGACAGCAGAAACCCAGTGGAAGAGTTGGAATTGGAGATCAGAAGGAGATTTGCTGCTCAATGGTGCTTACTTTACTCCATCGGGAGCAGGAGCAGCAGCTAGCTATGCCAGAGCCTCAAGCTTAGGAGCTAAGTCATCTTCTATGGTTGGTGCCATGACTTCAAATGCTGGTGCGCTCGGCTGTCGCAGAGGCCACCCATGCTAG 1335 0.4674 MAMSWKCFRACLIVLVLLLVGAMGTVQKHQISQFSEAEHSQRSFSNSSMAARIKQVEELNEHAVQDPEEVISLVEMRIQNSTARRNLGFFSCGTGNPIDDCWRCDSNWQHNRKHLADCGIGFGRNAVGGRDGRFYVVTDPGDDDPVNPRPGTLRHAVIQDRPLWIVFKRDMVIQLKQELIVNSFKTIDGRGVNVHIANGACITIQYVTNIIIHGLHVHDCKPTGNAMVRSSPTHYGWRTMADGDAISIFGSSHIWIDHNSLSNCADGLVDAVMGSTAITISNNHMTHHNEVMLLGHSDSYTRDKLMQVTIAYNHFGQGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSAEPTINSQGNRYAAPANPFAKEVTKRVETAETQWKSWNWRSEGDLLLNGAYFTPSGAGAAASYARASSLGAKSSSMVGAMTSNAGALGCRRGHPC* 445
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Pte3g01595 444 SMART amb_all 170 367 IPR002022 -
Pte3g01595 444 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 59 442 IPR045032 GO:0030570
Pte3g01595 444 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 142 167 IPR018082 -
Pte3g01595 444 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 322 341 IPR018082 -
Pte3g01595 444 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 242 263 IPR018082 -
Pte3g01595 444 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 344 363 IPR018082 -
Pte3g01595 444 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 178 194 IPR018082 -
Pte3g01595 444 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 118 135 IPR018082 -
Pte3g01595 444 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 415 438 IPR018082 -
Pte3g01595 444 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 386 410 IPR018082 -
Pte3g01595 444 Gene3D - 95 437 IPR012334 -
Pte3g01595 444 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 72 438 IPR011050 -
Pte3g01595 444 FunFam Pectate lyase 95 437 - -
Pte3g01595 444 Pfam Pectate lyase 176 359 IPR002022 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Pte3g01595 Pte-Chr3 14847344 14851540 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Pte3g01595 42 445 Polysaccharide Lyase AT4G13710 80.732 0.0 711
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Pte3g01595 K01728 - qsa:O6P43_003054 791.571