Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Pste8g01963 GTTGTAAGCATTACTATATTCACTCCAAAAGTTTGTTTTGCCAATAAACAATCCAAGATAGAAAGTTTGGTAAAGAATCAAATTGATCAGTGTTGGAGATTTAATACCGAATGGAGGAAACATCGTTCACAACTTGCCACATGCTCAGTGGGTTATGCAGGAAAGATGACAAACAACATTGGTAAAGACCTTATCCATTACAAAGTTATTGATCCTAGTGATGACCCAATAAACCCTAAGATTGGCACCTTAAGATATGGAGCATCTAAGGTTCAAGGTAAAATTTGGATCACGTTTCAAAGAGACATGCACATCAGGCTTGAGAAACCTCTTCTCATTAGTAGTTTCACTACCATTGATGGTCGAGGTGTCAATGTTCATATTGCTGACAATGCATGCTTGATGATCTTTAAGGCAACCGATGTAATCATCCATGGTCTTAGAATTCATCATTGTCGACCTCAAGCTCCTGGAATGGTAATTGGTCCTAATGGAAAAGTGATGTCTTTAGGTCAAGTTGATGGAGATGCAATAAGATTGGTCACGACTTCAAAGATTTGGATTGATCACAATACACTTTATGATTGCCAAGATGGCCTTCTTGATGTCACACGAGGCTCTACTAACGTGACTATCTCTAACAATTGGTTTAGAGAGCAAAATAAGGTTATGCTTCTGGGACACGATGATGGCTATATGCGAGACAAGGACATGAAGGTCACTGTTGTGTATAACTATTTTGGACCTAATTGCCACCAACGTATGCCAAGAATTCGTCATGGCTATGCACATGTTGCAAACAACCTTTATATGGGATGGGTGCAATATGCCATAGGTGGAAGCATGGGACCTAGCTTGAAAAGTGAATCAAATCTCTTCATAGCACCAATGTCAGAGCATAAGGAGGTAACATGGAGAAAAAATAGTGATGGAACTGAAGACAAATGGGAATTTTATTCGGTGGGAGATGCTTTCGAAAATGGAGCCTTTTTCATAGAAACACAAGGTGGGCAAGTACAAAAGCCAAATTATAACCTTGAACAAAACTTTAAAGTTGTCGACGCCAAATGTGTGAGATCATTGACAATGTTATCTGGAGTGTTGCGATGTAGTAAAAGCTCAATATGT 1128 0.3901 VVSITIFTPKVCFANKQSKIESLVKNQIDQCWRFNTEWRKHRSQLATCSVGYAGKMTNNIGKDLIHYKVIDPSDDPINPKIGTLRYGASKVQGKIWITFQRDMHIRLEKPLLISSFTTIDGRGVNVHIADNACLMIFKATDVIIHGLRIHHCRPQAPGMVIGPNGKVMSLGQVDGDAIRLVTTSKIWIDHNTLYDCQDGLLDVTRGSTNVTISNNWFREQNKVMLLGHDDGYMRDKDMKVTVVYNYFGPNCHQRMPRIRHGYAHVANNLYMGWVQYAIGGSMGPSLKSESNLFIAPMSEHKEVTWRKNSDGTEDKWEFYSVGDAFENGAFFIETQGGQVQKPNYNLEQNFKVVDAKCVRSLTMLSGVLRCSKSSIC 376
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Pste8g01963 376 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 47 335 IPR011050 -
Pste8g01963 376 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 347 370 IPR018082 -
Pste8g01963 376 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 276 295 IPR018082 -
Pste8g01963 376 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 73 98 IPR018082 -
Pste8g01963 376 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 110 126 IPR018082 -
Pste8g01963 376 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 316 340 IPR018082 -
Pste8g01963 376 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 174 195 IPR018082 -
Pste8g01963 376 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 254 273 IPR018082 -
Pste8g01963 376 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 22 373 IPR045032 GO:0030570
Pste8g01963 376 SMART amb_all 102 299 IPR002022 -
Pste8g01963 376 Gene3D - 25 369 IPR012334 -
Pste8g01963 376 Pfam Pectate lyase 113 293 IPR002022 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Pste8g01963 Pste-Chr8 15168358 15170014 Dispersed/Transposed
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Pste8g01963 56 303 Polysaccharide Lyase AT5G09280 71.371 5.15e-139 396