Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Psa6g3053 ATGGATTCGGATCAGGGAAAGCTTTTCATCGGTGGGATTTCATGGGATACTAATGAGGAGAAGCTGAAGGAGCATTTTGGCAATTATGGTGATGTTTTGAACACTTCAGTTATGAGAGAGAAGAACACTGGCAAACCTAGAGGTTTTGGTTTTGTAGTTTTTTCAGATCCTTCTGTTCTTGATAGGGTTCTTGAAGACAAGCATGTTATTGACGGCAGAACGGTTGATGCGAAGAGGGCATTCTCAAGAGAGGACCAACCGATTTCTGTCACTTCAAGAACTGGAAACTCTAATTCAGGTTTGAGTTCAGGTAATGGTGGAAATATGAGGACCAAAAAGATATTTGTTGGAGGGTTACCCCCCACTCTGGCTGAAGAAAAATTTCGTCAGTACTTTGAGGCATATGGACATGTAACTGATGTTGTAGTCATGTATGATCAGAATACTGGACGACCAAGAGGATTTGGGTTTATTACATTTGATACTGAGGAGGCAGTTGATAGGGTTTTGCACAAGACATTTCATGATTTAAATGGTAAACAAGTAGAGGTAAAGCGTGCACTTCCAAAGGATGCCAATCCTGGTGCAAGTAGTCGAATGATGGGTGGTGCTGGAGGTGGTAGTGCAGGAATGGGTGGTTATCAAGGGTATGGGGCTTCAGGTGGCAACCAAAATGCATATGATGGTCGTTCGGATTCTAGTAGGTATATGCAGCCTCAAAGTGCTGCAGGTGGATTCCCAACTTATGGCTCCTCCGCTTATAGCGCTGCTGGATATGGGTATGGTTCGGCTAGCAATGGCCTTGGTTATGGTGCAGCATATGGAGGTTATGGCGGTGCTACCGCTGGTTATGGTGGACCTGCCGCTGCAACGTATGGGAACCCAAATGTCCCTAATGCTGCTTATGCTGGTGGTGGCCCAAGGAGTTCATGGCCCGCTCAGGCTCCCTCTGGCTATGGCTCTATGGGTTATGGAAACACTGCTCCTTGGGGTGCTCCAAGTGGTGGTGCTGGATCTGGTTCAGCAACTGCAGGTCAATCCCCCAGTGGAGCTGCTGGATATGGGAATCAAGGTTATGGGTATGGTGGTTATGGTGGGGGATACGGTGGAAGTGATAGTTCTTATGGGAATCCAGGTGTATATGGTGCTGTTGGTGGGCGTACTGGGAGTGCTCCAAGTAGTAATGCTAGTGGTCAGAGTGGTAGTGAACTGCAAGGTAGTGGTGGAAGTGGCAACTATATGGGCAGCGGCTATGGAGATGCAAATGGAAATTCTGGTTATGGAAATGCAGCTTGGAGATCTGAGCAGGCTCAAGCATCTGGTAATTATGGGACTCCCCAGGGAAATGGTGGGCAAGTTGGTTATGGTGGTGGCTATGGTGGTACTCAGACTCGACAAGCCCAACAACACGGCAAAGGAGTCACTCACGTTCGACGTTCATACACAATGGGACTGGAGGAGAGGTGCAGAGGTGCACGAGTATTGAAGTGGAGCCAAGTGTCCACTCATGTCATGGCTAAGGAATGA 1527 0.4787 MDSDQGKLFIGGISWDTNEEKLKEHFGNYGDVLNTSVMREKNTGKPRGFGFVVFSDPSVLDRVLEDKHVIDGRTVDAKRAFSREDQPISVTSRTGNSNSGLSSGNGGNMRTKKIFVGGLPPTLAEEKFRQYFEAYGHVTDVVVMYDQNTGRPRGFGFITFDTEEAVDRVLHKTFHDLNGKQVEVKRALPKDANPGASSRMMGGAGGGSAGMGGYQGYGASGGNQNAYDGRSDSSRYMQPQSAAGGFPTYGSSAYSAAGYGYGSASNGLGYGAAYGGYGGATAGYGGPAAATYGNPNVPNAAYAGGGPRSSWPAQAPSGYGSMGYGNTAPWGAPSGGAGSGSATAGQSPSGAAGYGNQGYGYGGYGGGYGGSDSSYGNPGVYGAVGGRTGSAPSSNASGQSGSELQGSGGSGNYMGSGYGDANGNSGYGNAAWRSEQAQASGNYGTPQGNGGQVGYGGGYGGTQTRQAQQHGKGVTHVRRSYTMGLEERCRGARVLKWSQVSTHVMAKE* 509
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Psa6g3053 508 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 6 82 IPR000504 GO:0003723
Psa6g3053 508 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 3 110 IPR035979 GO:0003676
Psa6g3053 508 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 112 189 IPR000504 GO:0003723
Psa6g3053 508 Gene3D - 107 233 IPR012677 -
Psa6g3053 508 Gene3D - 4 87 IPR012677 -
Psa6g3053 508 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 8 75 IPR000504 GO:0003723
Psa6g3053 508 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 114 172 IPR000504 GO:0003723
Psa6g3053 508 MobiDBLite consensus disorder prediction 84 106 - -
Psa6g3053 508 MobiDBLite consensus disorder prediction 85 106 - -
Psa6g3053 508 CDD RRM1_hnRNPA_hnRNPD_like 8 78 - -
Psa6g3053 508 CDD RRM2_DAZAP1 110 189 IPR034131 GO:0003723
Psa6g3053 508 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 111 218 IPR035979 GO:0003676
Psa6g3053 508 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 1 1 468 - -
Psa6g3053 508 SMART rrm1_1 7 78 IPR000504 GO:0003723
Psa6g3053 508 SMART rrm1_1 113 185 IPR000504 GO:0003723
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Psa6g3053 Psa-Chr6 259388194 259391620 Dispersed/Transposed
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Psa6g3053 8 200 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT2G23350 24.000 3.04e-07 51.2
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Psa6g3053 K14411 - gmx:100811267 619.772