Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Psa2g0878 ATGGCTTTCTTTGGTAGAGTTGGGAATATAATAAGAAATGCAGCAAATGTGAAGATCAGTTCTGAGTTTAAGTTACGTTCTTTCCCGTCTGTTTTCCAAGCCATACGGTGCTTTTCGAGTACTCCATCTACAAAGCTGTTTGTAGGAGGTGTTTCTTATTCTACGGATGAACAAAGTTTGAGGGAAGTTTTTGCAAGATACGGTGAAGTTGTTGATGTGAGGATAATTATGGATCGTGAAACTGGTAGGTCAAAAGGATTTGGCTTTATTACTTACAATACAGTTGAGGAAGCATCAAGTGCCATTCAAGCCTTGGATGGACAGGATTTGCATGGCCGTCGGGTTGGTGTAAATTTTGCCAACGAAAGAGCCCGTGGAGGATATGGCGGTGATGGTGGTTTTGGTGGATCTTATGGAAACACTTCCTATGGCGGTGGTGGTGGTGCTGGATATCAGGGTGGTTATGGTAACTCTCCCTACGGTGCTGCTCCAAGTGGTGGTGGGTATGGTGATGCTGGTGGTAATGTCACTGGAGGTTATGGTGGAGGTGGTTATGGAAGCACTTACAATGATGGAACTACTAGTGGAGGTTATGGTGGCAACAATGCAAATTATGGTGCTCCTGTTGGTGGTGGTGAAAGCAATACTCTTAACTATGGCAGTGCTCCCGCTGTTGGTGGTGGTGAAAGCAATACTCTTAACTATGGCAGTGCTCCCGCTGTTGGTGGTTATGGCGGTGGTAACAATGGGAATTACGGTGCTGCTGATACTGTTAACTATGGTAGTGCTCCTAGTGTGGGTGGTTATGGTGGTGGTAACAATGCAAGTTACGGTGGTGGAGAAAGCAATTCTGTTAACTATAGTAGTACTCCTGGTGTTGGTGGTTATGGCAGTGGTAATGCAAGTTATGGTGCTGCTGTAGGTGGTGTAGAAAGCAATTCTGTTAACTATAGTAGTGCTCCTGGTGTTGGTGGTTATGGCAGTGGTAATGCAAATTATGGTGCTGCTGTAGGTGGTGTAGAAAGCAATTCTGTTAACTATGGTACTGCTCCTGTTGATGGTGGTTATGGTGGTGCTTCTGCTACAGCTGCTGGTCCGAGCAACGGTTTTGCTGGTAGTCAATACCCTGGAAGTGCAGCGGGATATGGCAGTGGAGGACTTGGACATGGTGAAAGTGGTCAAGAAAATTTCAGGAATGACGATCATGAAGCGAATGCTTTTGCTAAACGGGCTTGA 1236 0.4571 MAFFGRVGNIIRNAANVKISSEFKLRSFPSVFQAIRCFSSTPSTKLFVGGVSYSTDEQSLREVFARYGEVVDVRIIMDRETGRSKGFGFITYNTVEEASSAIQALDGQDLHGRRVGVNFANERARGGYGGDGGFGGSYGNTSYGGGGGAGYQGGYGNSPYGAAPSGGGYGDAGGNVTGGYGGGGYGSTYNDGTTSGGYGGNNANYGAPVGGGESNTLNYGSAPAVGGGESNTLNYGSAPAVGGYGGGNNGNYGAADTVNYGSAPSVGGYGGGNNASYGGGESNSVNYSSTPGVGGYGSGNASYGAAVGGVESNSVNYSSAPGVGGYGSGNANYGAAVGGVESNSVNYGTAPVDGGYGGASATAAGPSNGFAGSQYPGSAAGYGSGGLGHGESGQENFRNDDHEANAFAKRA* 412
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Psa2g0878 411 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 46 115 IPR000504 GO:0003723
Psa2g0878 411 SMART rrm1_1 45 118 IPR000504 GO:0003723
Psa2g0878 411 MobiDBLite consensus disorder prediction 394 411 - -
Psa2g0878 411 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 87F-RELATED 1 261 - -
Psa2g0878 411 MobiDBLite consensus disorder prediction 382 411 - -
Psa2g0878 411 PANTHER GLYCINE-RICH RNA-BINDING PROTEIN 3 MITOCHONDRIAL 1 261 - -
Psa2g0878 411 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 40 153 IPR035979 GO:0003676
Psa2g0878 411 Gene3D - 33 139 IPR012677 -
Psa2g0878 411 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 44 122 IPR000504 GO:0003723
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Psa2g0878 Psa-Chr2 56761360 56765528 Dispersed/Transposed
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Psa2g0878 29 175 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT1G22760 29.747 9.99e-11 61.6
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Psa2g0878 K12741 - gmx:100799124 194.512