Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Pral4333g00018 ATGTTAATGCAGAGTTCTCTTCCTAGTTCAATTGAAGCTGCTCTATTTCATGTATCGGATAAAGGGAAAGAAGATGCTCTATGTGACTGGATACCTAGTGCTGAAACTTGGCAGGTGTGCCTGAAATGCAAAAGATGCCCTCTTACCTGCTGCAGAAAAGTTGAAACAATGCAAGAGCAAGAGGATAGAAGGAATGATGATGTTCCGTGCTGCAGAAATGTTGAAGCGATGCAAGAGCAAGAGGATAGAAATGATGATGATGTTCCGTGCCGCAGAAATGTTGAAGCAATGCAAGAGCAAGAGGATAGAAATAATGATGATGTTCTGTGCTGCAGAGAAGTTGAAGCTGTGCAAGAGCAAGAGGATAGAAGCAATGATGATGTTCCATGCCGCAGAAAAATTGATGCTATGCAAGAGCAAGAGGATAGAAGGAATGATGATGCTCCATGCTGCAGAAAATTTGATGCTATGCAAGAGCAGGAGGATAGAAGGAATGATGATGCTCCTTGCCGCAGAAATGTTGAAGCAATGCAAGAGCAAGAGGATAGAAGTAATGATGATGGTCTGTGCTGCAGAGAAGTTGAAGCCGTTGAAGCTATGCAAGAGCAAGAGGATAGAAGGAATGATGATGTTCTGTGCTGCAGAGAAGTTGAAGCCGTGCAAGAGCAAGAGGATAGAAGGAATGATGATATTCCATGCCGCAGAAAAATTGATGCTATGCAAGAGCAAGAGGGTAGAAGGAATGATGATGTTCCATGCTGCAGAAATGTTGAAGCAATGCAAGAACAAGAGGATAGAAGTAATGATGATGTTCCATGCTGCAGAGAAGTTGAAGCCATTGACGCTATGCAAGAGCAAGATGATAGAAGGAATGATGATGTTCCTTGCTGCAGAAATGTTGAAGCAATGCGAGAGCAAGAGGATAGAAGGAATGATGATGTTCCGTGCTGCAGAGAAGTTGAAGCCATGCAAGAGCAAGAGGATAGAAGGAATGATGATGTTCCATGCTGCAGAAAAATTGATGCTATGCAAGAGCAAGAGGATAGAAGGAATGATGATGTTCCATGCTGCAGAAAAATTGATGTTATCCAAGAGCAAGAGGATAGAAGTAATGATGATGTTCTATGCTGCAGAAATGTTGAATCAATGCAAGAGCAAGAGGATAGAAGGAATGATGATGTTCCATGCAGCTCAAACTGTTTGAGCAGCTTAGATCGACTGCCAACTGCCAGTACAATGACTGGACATGCTGTGCCTAATCTAGTTTACAGGAGAAAGAAGCTACGGAAGAATTCAACTGTGCCCGTTTTAAAAATAGGGCCTATGTCTGTGCCAGCAAGTGCCAGTTGCCCTTTATTCATAAGCCCCTGTGCTCATAGATTAACATTGGAGCATCAGCCAGCCAGCTCTCAAATTGAACGAGTTACTGAAATGGTTAATGATCCTGATGCACCCATTGTCTTATGTGAAACAGCAGTAGATAGCAGCATACCTAAAAATTTAGGTATTAACAGCATTTATGATAGTTGCTCCTCATCAAAATCAAATATGGAAATTGTTTCAGATTCCATAGAAACTGGAGTGGATGACACTGGCGAATGCTCCTCATCTAGTGTATTAGTCATGGATGCCCCTGTAGAAGACCTATCAGCAAAGGATTTCTGCGTCAAAATTTTAAGAAGCCATGGACTCCTTGGAGAAGATTCTCATGCTCCTACTGTAGCTTCTCAAGTGCAGGTGGCTACCTCTGGTAATAGTTGCAGTTCCCGGTCATGCAAAATATGTGGCCATTTAGATGGCTCATTGAGCATGCTTATATGTGATCATTGTGAAGAGGCACACCATCCATCCTGCATGGTTCCGCGTGTGAAAAAGTTACCAATTGATGAATGGTTTTGTCATTCATGTATAAAAAGGAAGCAGAAAATTCTTAAGGAGTCAATTATTAGACGTTCACCAACTAGTGAAATGGAATTATGCAGATCTTCCTCAGTCAATGGAGGATTGAATCCTATACTGTTGATGTTGAATGATTCTGAGCCAAGTAAAAGTGGTGTACGGGTTGGTAAAGGTTTTCAAGCAGAAGTTCCTGAATGGTCAGGTCCAATAGGAAGTGATGATGACTGTGCTGAACCGTTGGAAATTGGTTCTTCAGCAATTTCCAGTTTGCTGGAAAAGAATCTCAAAAGGTCAACAAGACCCAGCTCCATTGGTAATTGGCTTCAGTGTCAAGAGGTTGTAGATAGAGCCAAAGGAACTATATGTGGTAAATGGCGCAGGGCTCCTCTTTTTGAAGTCCAAACTGATAATTGGGAGTGTTTCTGTGCCATCCAGTGGGATCCGGCTCATGCTGATTGTGCTGTACCTCAGGAGGTGGAAACAGATCAGGTTCTGAAGCAACTGAAGTATATAGAAATGTTGAGGCCGCGACTTGCCGCAAAACGTTCAAAATTAGACAACAAAAGGGGTGGTGAATGA 2478 0.4245 MLMQSSLPSSIEAALFHVSDKGKEDALCDWIPSAETWQVCLKCKRCPLTCCRKVETMQEQEDRRNDDVPCCRNVEAMQEQEDRNDDDVPCRRNVEAMQEQEDRNNDDVLCCREVEAVQEQEDRSNDDVPCRRKIDAMQEQEDRRNDDAPCCRKFDAMQEQEDRRNDDAPCRRNVEAMQEQEDRSNDDGLCCREVEAVEAMQEQEDRRNDDVLCCREVEAVQEQEDRRNDDIPCRRKIDAMQEQEGRRNDDVPCCRNVEAMQEQEDRSNDDVPCCREVEAIDAMQEQDDRRNDDVPCCRNVEAMREQEDRRNDDVPCCREVEAMQEQEDRRNDDVPCCRKIDAMQEQEDRRNDDVPCCRKIDVIQEQEDRSNDDVLCCRNVESMQEQEDRRNDDVPCSSNCLSSLDRLPTASTMTGHAVPNLVYRRKKLRKNSTVPVLKIGPMSVPASASCPLFISPCAHRLTLEHQPASSQIERVTEMVNDPDAPIVLCETAVDSSIPKNLGINSIYDSCSSSKSNMEIVSDSIETGVDDTGECSSSSVLVMDAPVEDLSAKDFCVKILRSHGLLGEDSHAPTVASQVQVATSGNSCSSRSCKICGHLDGSLSMLICDHCEEAHHPSCMVPRVKKLPIDEWFCHSCIKRKQKILKESIIRRSPTSEMELCRSSSVNGGLNPILLMLNDSEPSKSGVRVGKGFQAEVPEWSGPIGSDDDCAEPLEIGSSAISSLLEKNLKRSTRPSSIGNWLQCQEVVDRAKGTICGKWRRAPLFEVQTDNWECFCAIQWDPAHADCAVPQEVETDQVLKQLKYIEMLRPRLAAKRSKLDNKRGGE 825
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Pral4333g00018 825 SMART PHD_3 591 637 IPR001965 -
Pral4333g00018 825 ProSiteProfiles Zinc finger PHD-type profile. 589 639 IPR019787 -
Pral4333g00018 825 ProSitePatterns Zinc finger PHD-type signature. 592 636 IPR019786 -
Pral4333g00018 825 FunFam uncharacterized protein LOC106759733 isoform X4 738 803 - -
Pral4333g00018 825 ProSiteProfiles Zinc finger CW-type profile. 734 794 IPR011124 GO:0008270
Pral4333g00018 825 Gene3D Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) 509 649 IPR013083 -
Pral4333g00018 825 PANTHER BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 1A 585 656 IPR047171 GO:0006338
Pral4333g00018 825 Pfam ELM2 domain 686 797 IPR000949 -
Pral4333g00018 825 SUPERFAMILY FYVE/PHD zinc finger 575 641 IPR011011 -
Pral4333g00018 825 Pfam PHD-finger 592 638 IPR019787 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Pral4333g00018 Pral-Chr4333 414552 427067 Tandem
       

Transcription factors information

Select Regulatory Factors Family Gene Hmm_acc Hmm_name E_value Clan
TR PHD Pral4333g00018 ELM2 9.9e-05 No_clan
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Pral4333g00018 - - gmx:100800660 530.406