Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Pral2538g00007 ATGGTGGAGGTTTCTCTGAATATGCCATTCATCCTTTTCGTTCTGACTGTGGCGCTGCTTTTATCTAGCGCCAAGCCATTGAATGGAGATGATAATGCTAAAGGCCGTCTTGTACAGTCAAGGAATGTAGAAACAGAGGAGTTGCAGAGTTTGAAGAATTCATCAATGGCGGACAGGCTAGATGATGCTCTAAATGAACACGCAGTGGACGACCCGGAGGAGATAGCTTCCATGGTTGATATGTTAATTATTTGGCCATCACCACCGACACCCTCAAGTAGTAAGCAGAAATTAGTTGTTCCTCCCCCACCTTTGGCATTTATTTATTGCCAGAGAAATTTCAGGAGCATACGTAATCATACTGAGAGAAGGAATCTGGGTTTCTTCTCATGTGTGACCGGAAATCCAATTGATGACTGCTGGCGCTGTGACAAACTTTGGCACAGACGGCGAAAGCGTTTGGCCAATTGTGGAATTGGTTTTGGACGTAATGCCATTGGTGGCCGTGATGGAAGGTTCTATATTGTGACGGATCCAAGGGATGATGACCCTGTCAACCCAAGGCCAGGCACCCTGCGCTACGCTGTTATTCAAGACAGACCCTTGTGGATTGTGTTCAAGAGGGACATGGTTATCACTTTAAAGCAAGAGCTTATCATGAACAGTTTCAAGACCATAGATGGTCGTGGAGTGAATGTGCACATTGCCTATGGGGCGTGCATTACTATACAATTCGTCACTAATATCATCATCCATGGTTTACATATCCATGACTGCAAACGCACTGGTAATGCACTGGTTCGTAGCTCACCAACTCATTATGGTTGGAGAAGTATGGCTGATGGAGATGGGATTTCCATCTTTGCTTCAAGCCACATTTGGATTGACCATAACTCACTGTCTAAGTGCGCTGATGGCCTTATTGATGCAATTATGGGTTCCACTGCTATTACCATTTCCAACAATTACTTCACCCACCACAATGAGGTTATGCTACTGGGCCACAGTGATTCATATGTAAGGGATAAGCAGATGCAAGTAACCATTGCCTACAATCATTTTGGGGAAGGTCTTATCCAGAGAATGCCGAGGTGCAGACACGGGTATTTCCATGTGGTAAACAATGACTATACCCACTGGGAAATGTATGCAATTGGTGGAAGTGCTGATCCCACGATTAACAGCCAGGGCAACCGATACCTCGCCCCTCGAAACCGTTTTGCGAAGCAGGTGACGAAGAGAGTAGGCACAGACGCTAGGATATGGAAGCACTGGAATTGGAGGTCAACGGGAGACCTTATGTTAAATGGAGCCTATTTCACTTCATCAGGAGCGGGTGCTTCTGCAAGCTATGCCAGAGCCTCCAGTTTAGGGGCCAAGTCATCTTCTATGGTTGGTGTTATTACTTATGGAGCTGGTGTTCTTACCTGTCGCAGGGGCTTCACCTGTTAA 1452 0.4607 MVEVSLNMPFILFVLTVALLLSSAKPLNGDDNAKGRLVQSRNVETEELQSLKNSSMADRLDDALNEHAVDDPEEIASMVDMLIIWPSPPTPSSSKQKLVVPPPPLAFIYCQRNFRSIRNHTERRNLGFFSCVTGNPIDDCWRCDKLWHRRRKRLANCGIGFGRNAIGGRDGRFYIVTDPRDDDPVNPRPGTLRYAVIQDRPLWIVFKRDMVITLKQELIMNSFKTIDGRGVNVHIAYGACITIQFVTNIIIHGLHIHDCKRTGNALVRSSPTHYGWRSMADGDGISIFASSHIWIDHNSLSKCADGLIDAIMGSTAITISNNYFTHHNEVMLLGHSDSYVRDKQMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSADPTINSQGNRYLAPRNRFAKQVTKRVGTDARIWKHWNWRSTGDLMLNGAYFTSSGAGASASYARASSLGAKSSSMVGVITYGAGVLTCRRGFTC 483
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Pral2538g00007 483 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 118 480 IPR045032 GO:0030570
Pral2538g00007 483 Gene3D - 134 476 IPR012334 -
Pral2538g00007 483 Pfam Pectate lyase 218 398 IPR002022 -
Pral2538g00007 483 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 454 477 IPR018082 -
Pral2538g00007 483 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 157 174 IPR018082 -
Pral2538g00007 483 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 181 206 IPR018082 -
Pral2538g00007 483 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 383 402 IPR018082 -
Pral2538g00007 483 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 425 449 IPR018082 -
Pral2538g00007 483 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 361 380 IPR018082 -
Pral2538g00007 483 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 217 233 IPR018082 -
Pral2538g00007 483 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 281 302 IPR018082 -
Pral2538g00007 483 SMART amb_all 209 406 IPR002022 -
Pral2538g00007 483 FunFam Pectate lyase 134 476 - -
Pral2538g00007 483 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 117 477 IPR011050 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Pral2538g00007 Pral-Chr2538 82034 86793 Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Pral2538g00007 40 483 Polysaccharide Lyase AT4G13710 72.321 0.0 667
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Pral2538g00007 K01728 - gmx:100809277 717.613