Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Mupr10018g00002 ATGGTGAAAACGACAGCGTATGTTGCAGGAATGGCTTTCTTTGGTAGAGTTGGGAATACACTGAGACAAGCATTGAATAGGAAGATCAGTTCTGAGTTATGTTCATTCCCATCTGTTTTCCAGGCCATAAGGTGTATGTCAAATGCTCCAAGTTCAAGGCTGTTTATAGGAGGTGTTTCGTATTCTATTGATGAGCAAAGTTTGAGGGAAATTTGTTCAAAATACGGCCAAGTTGTTGATGCAAGGTTAGTTATGGATCGTGAAACTGGTAGGCCCAGAGGATTTGGTTTTATCACTTACAGTACAGTTGAGGAGGCATCAAGTGCCCTTCAGGCCATGGATGGACAGGATTTGCATGGTCGCCGGGTCAAGGTAAATTTTGCTAATGAAAGACCCCGTCTATTTGGGGGTGGTGGATCTTATGGCAATACTTCCTATGGTGATGGAGCTGGCACTGGGTATCCAGGTAGTTATGGCAACTCTTCATATGGTGCTGCTGCAAGTGGTGGTGAGTATGGTAATACTGGTGATGGAAATGCTGCTGGAGGTTATGGAAGTGGTGGATATGGTGGAGGTGGCTACGGATCAGTTGGCAATTTTGGCGGCAGCAGCTTTGGCAATAACTATAGTGATGCTGGTGGCAATGCTGCTGGAGGTTATGGCAGTGGTGGATATGGTGGTGATGCTGGTGCCTATGGTAGCAATGCTGCTGAAGGTTATGGCAGCAGTGGATATGGTGGTGATGCTAGTGCCTATGGTAGCAATGCTACTGGAGGTTATGGCAGTGGTGGATACGGTGGAGGATTGGGTGGTAGTTTTGGGGACAGCAGCTCTGGCAAGAAATATGGTGATGCTAGTGCCTATGGTGGCAATGCTGCTGGAGCTTATGGAAGTGGAGGAGGATCAGGTGGTGATGCCAGTGCCTATGGAAATGCTGCTGGAACTTATGGCAGTGGTGGATATGGTGGAGGGTCAAGTGGCATTTTTGGGGACAACAACTCTGGCAAGAACTATGGTGATGCCGGTGCCTATGGTGGCAATGCGGCCAGAGGTTATGGAAGTGGTGGATCAAGTGGCAGTTTTGGGGGCAGCAGCTCTGGCAATAACTATGGTGCTGCTGGTGGTTACAGTGGAAGTGGAACAGCAAATTATGGGAATGCTGGTAGCTTTGCAAGCAGTAAGACTTGCAACAATGGAACAGGTGGAGGTTATGGTGGTAACAGCGGGAATTATGGTGTTGCTGCTGGTGAAGGTAATACTGGTAACTATGGTATTTCCCCTGGTAGTGGTTATGGTAGCTATGGTGCTGCTTCTGGATTTAGCAAGAGTAATAATTATGACAGTTCTGCAGGATTTGGTGGCAGTATTAGCTATGGTAGTACTGCTGGTGGTGGCAGTCAGCACCCCGGAAGTGCCACGCCATGTACAGGTACTGGCAGTGGCTTTGCTGGTGGATATTATGGCAGCAGTGGCCAATTTGATAGCAATCAAAGGAGCAATGTGGGTCAACATAGTGGAGATTTTGGAAGTTCGTTTGAAGAAAAATTCAAGAATGACAATTATGAAAATGATGCCTTTGCTAGAAGGGCGTGA 1593 0.4739 MVKTTAYVAGMAFFGRVGNTLRQALNRKISSELCSFPSVFQAIRCMSNAPSSRLFIGGVSYSIDEQSLREICSKYGQVVDARLVMDRETGRPRGFGFITYSTVEEASSALQAMDGQDLHGRRVKVNFANERPRLFGGGGSYGNTSYGDGAGTGYPGSYGNSSYGAAASGGEYGNTGDGNAAGGYGSGGYGGGGYGSVGNFGGSSFGNNYSDAGGNAAGGYGSGGYGGDAGAYGSNAAEGYGSSGYGGDASAYGSNATGGYGSGGYGGGLGGSFGDSSSGKKYGDASAYGGNAAGAYGSGGGSGGDASAYGNAAGTYGSGGYGGGSSGIFGDNNSGKNYGDAGAYGGNAARGYGSGGSSGSFGGSSSGNNYGAAGGYSGSGTANYGNAGSFASSKTCNNGTGGGYGGNSGNYGVAAGEGNTGNYGISPGSGYGSYGAASGFSKSNNYDSSAGFGGSISYGSTAGGGSQHPGSATPCTGTGSGFAGGYYGSSGQFDSNQRSNVGQHSGDFGSSFEEKFKNDNYENDAFARRA 530
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Mupr10018g00002 530 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 54 124 IPR000504 GO:0003723
Mupr10018g00002 530 PRINTS Eggshell protein signature 352 370 - -
Mupr10018g00002 530 PRINTS Eggshell protein signature 228 239 - -
Mupr10018g00002 530 PRINTS Eggshell protein signature 290 305 - -
Mupr10018g00002 530 PRINTS Eggshell protein signature 316 326 - -
Mupr10018g00002 530 MobiDBLite consensus disorder prediction 510 530 - -
Mupr10018g00002 530 Gene3D - 41 146 IPR012677 -
Mupr10018g00002 530 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 48 159 IPR035979 GO:0003676
Mupr10018g00002 530 SMART rrm1_1 53 126 IPR000504 GO:0003723
Mupr10018g00002 530 MobiDBLite consensus disorder prediction 493 507 - -
Mupr10018g00002 530 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 52 130 IPR000504 GO:0003723
Mupr10018g00002 530 MobiDBLite consensus disorder prediction 493 530 - -
Mupr10018g00002 530 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 87F-RELATED 38 204 - -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Mupr10018g00002 Mupr-Chr10018 22499 26398 Dispersed
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Mupr10018g00002 22 165 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT3G16380 30.464 4.48e-09 57.0
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Mupr10018g00002 K12741 - ccaj:109815980 236.498