Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Mtr3g0621 ATGGCTTTCTTTGGTAGAGTTGGGAGTTTATTAAGGAATGCAGCAAATACGAAGATCACTTCTGAGTTGAAGTTACGTTCTTCCCCATCTGTTTTCCAAGCCATACGGTGCTTCTCGAGTACTCCCAATACCAAGCTGTTTGTAGGAGGTATTTCGTATAATACTGATGAACAAAGTTTGAGCGATGCTTTTTCAAAATATGGCCAAGTTCTTGACGCAAGGATAATTATGGATCGCGAATCTGGTAGGTCCAAAGGATTTGGCTTTGTTACTTACAATACTGTTGAGGAGGCATCAAGTGCCATTCAGGCCTTGGATGGACAGGATCTGTATGGTCGCCGAGTTGGTGTAAATTTTGCAAATGAAAGACCCCGTGATGGTTTTGATGGACCTTATGGTGGTGGAGGTGGATATTCAGGTGGTTATGGTAACTCTTCATACGGTGGTGGGTATGCTAGTAATGCTGCTGGAGGTTATGGCGGAGGTGGTTATGGAAACACTTACAATGATGGAACTACTAGCGGAGGTTATGGTGGCAACAATGCGAATTATGGTGCTGCTGTGGGCGGTGGTGATAGCAATGCTGTTAACTATGGTAGTCCTCCCGGTGTTGGTGGTTATGGAAACAATGCAAATTATGGTGCTGCTGTAGGTGGTGGTGAAAGCAATGCTGTTAACTATGGTAGTCCTCCCGGTGTTGGTGGTTATGGAAACAATGCAAATTATGGTGCTGCTGTTAACTATGGTAGTGCTCCCGCTGTTGGTGGTTATGGTGGTAACAATGTGAGTTATGGTGCTGCTGGTACTGCTAACTACGGTAGTGCTCCGGATGTTGGTGGTTATGGTGGTGGTAACAGTGCAAATTATGGTGCGGATGTAGGTGGTGGAGAAAGCAATTCTGTTAACTACGGTAGTGCTCCTGTTGATGGTGGTTATGGCGGTGCTAACAATGCAAATTATGGTGCGGCTGTAGGTGCTAGAGAAAGCAATTCTGTTAACTATGGTAGTGCTCCTGGTGGTTATGGTGGTGGTAACAGTGCCAATTACAGTGATAGAGAAAGCAATTCTGTTAACTATGGTAGTGCTCCTGGTGTTGGTGGTTATGGCAGTGGTAACAATGCGAATTATGGTGCTGCTGTAGGAGGCGGAGAAAGCAATTCCGTTAACTATGGTACTGCTCCTGTTGATGGTGGTTATGGTGCTGCTGCTGGATTTGGCAACAGCGATAATCATTATAGTACCGGTGGTGTTGGTGGTGGTCCCAGCAATGGTTTCTCCGGTAATCAATACCCTGGAAGTGCAACGGGGTATGGCAGTGGCGGTTCAGCTCCCGGGAGCAGCTAG 1344 0.4635 MAFFGRVGSLLRNAANTKITSELKLRSSPSVFQAIRCFSSTPNTKLFVGGISYNTDEQSLSDAFSKYGQVLDARIIMDRESGRSKGFGFVTYNTVEEASSAIQALDGQDLYGRRVGVNFANERPRDGFDGPYGGGGGYSGGYGNSSYGGGYASNAAGGYGGGGYGNTYNDGTTSGGYGGNNANYGAAVGGGDSNAVNYGSPPGVGGYGNNANYGAAVGGGESNAVNYGSPPGVGGYGNNANYGAAVNYGSAPAVGGYGGNNVSYGAAGTANYGSAPDVGGYGGGNSANYGADVGGGESNSVNYGSAPVDGGYGGANNANYGAAVGARESNSVNYGSAPGGYGGGNSANYSDRESNSVNYGSAPGVGGYGSGNNANYGAAVGGGESNSVNYGTAPVDGGYGAAAGFGNSDNHYSTGGVGGGPSNGFSGNQYPGSATGYGSGGSAPGSS* 448
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Mtr3g0621 447 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 46 115 IPR000504 GO:0003723
Mtr3g0621 447 MobiDBLite consensus disorder prediction 411 447 - -
Mtr3g0621 447 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 40 150 IPR035979 GO:0003676
Mtr3g0621 447 SMART rrm1_1 45 118 IPR000504 GO:0003723
Mtr3g0621 447 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 44 122 IPR000504 GO:0003723
Mtr3g0621 447 Gene3D - 36 186 IPR012677 -
Mtr3g0621 447 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 87F-RELATED 1 271 - -
Mtr3g0621 447 PANTHER GLYCINE-RICH RNA-BINDING PROTEIN 3 MITOCHONDRIAL 1 271 - -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Mtr3g0621 Mtr-Chr3 8386887 8391398 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Mtr3g0621 46 124 C2H2 Transcription Factor Family AT2G19380 35.443 2.25e-11 63.9
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Mtr3g0621 K12741 - ccaj:109815980 211.846
       

Event-related genes

Select Gene_1 Chr_1 Start_1 End_1 Gene_2 Chr_2 Start_2 End_2 Event_name
Mtr3g0621 3 8386887 8391398 Mtr3g0621 3 8386887 8391398 ECH