Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Mepo5g02881 ATGGCTTTCTTTGGTAGAGTTGGGAGTTTATTAAGGAATGCAGCAAATACGAAGATCACTTCTGAGTTGAAGTTACGTTCTTCCCCATCTGTGTTCCAAGCCATACGGTGCTTCTCGGGTACTCCCAATACCAAGCTGTTTGTAGGAGGTATTTCGTATAATACTGATGAACAAAGTTTGAGCGATGCGTTTTCAAGATATGGCCAAGTTCTTGACGCAAGGATAATTATGGATCGCGAAACTGGTAGGTCCAAAGGATTTGGCTTTGTTACTTACAATACTGTTGAGGAGGCATCAAGTGCCATTCAGGCCTTGGATGGACAGGATCTGCATGGTCGCCGAGTTGGTGTAAATTTTGCCAATGAAAGACCCCGTGATGGTTTTGATGGACCTTATGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGATATTCAGGTGGTTATGGTAACTCTTCATACGGTGGTGGGTATGGTAATGCTGGTGGGTATGGTAGTAATGCTGCTGGAGGTTATGGCGGAGGTGGTTATGGAAACACTTCCAATGATGGAACTACTAGCGGAGGTTATGGTGGCAACAATGCAAATTATGGTGCTGCTGTGGGCGGTGGTGAAAGCAATGCTGTTAACCATGGTAGTCCTCCTGGTGTTGGTGGTTATGGAAACAATGCAAATTATGGTGCTGCTGTAAGCAGTGGTGAAAGCAATGCTGTTAACTATGGTAGTGCTCCTGGTGTTGGTGGTTATGGTGGAAACAATGCAAATTACGGTGCTGCTGTGGGCGGTGAAAACAATGCTGTTAACTATGGTAGTGCTCCCGCTGTTGGTGGTTATGGTGGTAACAATGTGAGTTATGGTGCTGCTGATACTGCTAACTATGGCAGTGCTCCTGGTGTTGGTGGATATGGTGGTGGTAATAGTGCAAATTATGGTGCGGCTGTAGGTGGTGGAGAAAGCAATTCTGTTAACTACGGTAGTGCTCCTGTTGATGGTGGTTATGGCGGTGCTAACAATGCAAACTATGGTGCTGCTGTAGGGGCTAGAGAAAGCAATTTTGTTAACTATGGTAGTGCTCCTGGTGTTGGTGGTTATGGTGGTGGTAACAGTGCCAATTACAGTGGTGGAGAAAGCAATACTGTTAACTATGGTAGTGCTCCTGGTGTTGGTGGTTATGGTGCCGCTGCTGGATTTGGCAAGAGTGATAATCATTATAGTGCCGGTGGTGTTGGTCCCAGCAATGGTTTCTCCAGTAATCAATACCCTGGAAGTGCAACAGGGTATAGCAGTGGCAGTTCAGCTCCCGGGAGCAGCTTTGCTGGTGGATATGATAGAACTGGAGGACTTGGATACGGTGAAAGTGGTCAAGAAAATTTCAAGAATGATGATCATGAAGTTGATGCTTTTGCTAAACGGGCTTGA 1404 0.4623 MAFFGRVGSLLRNAANTKITSELKLRSSPSVFQAIRCFSGTPNTKLFVGGISYNTDEQSLSDAFSRYGQVLDARIIMDRETGRSKGFGFVTYNTVEEASSAIQALDGQDLHGRRVGVNFANERPRDGFDGPYGGGGGGGYSGGYGNSSYGGGYGNAGGYGSNAAGGYGGGGYGNTSNDGTTSGGYGGNNANYGAAVGGGESNAVNHGSPPGVGGYGNNANYGAAVSSGESNAVNYGSAPGVGGYGGNNANYGAAVGGENNAVNYGSAPAVGGYGGNNVSYGAADTANYGSAPGVGGYGGGNSANYGAAVGGGESNSVNYGSAPVDGGYGGANNANYGAAVGARESNFVNYGSAPGVGGYGGGNSANYSGGESNTVNYGSAPGVGGYGAAAGFGKSDNHYSAGGVGPSNGFSSNQYPGSATGYSSGSSAPGSSFAGGYDRTGGLGYGESGQENFKNDDHEVDAFAKRA 467
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Mepo5g02881 467 MobiDBLite consensus disorder prediction 451 467 - -
Mepo5g02881 467 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 46 115 IPR000504 GO:0003723
Mepo5g02881 467 MobiDBLite consensus disorder prediction 419 467 - -
Mepo5g02881 467 MobiDBLite consensus disorder prediction 419 433 - -
Mepo5g02881 467 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 44 122 IPR000504 GO:0003723
Mepo5g02881 467 SMART rrm1_1 45 118 IPR000504 GO:0003723
Mepo5g02881 467 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 87F-RELATED 26 226 - -
Mepo5g02881 467 Gene3D - 38 151 IPR012677 -
Mepo5g02881 467 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 41 154 IPR035979 GO:0003676
Mepo5g02881 467 CDD RRM2_NsCP33_like 45 120 - -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Mepo5g02881 Mepo-Chr5 34994900 35000191 Dispersed/Transposed
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Mepo5g02881 46 124 C2H2 Transcription Factor Family AT2G19380 35.443 6.50e-11 62.8
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Mepo5g02881 K12741 - ccaj:109815980 193.356