Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Lja6g0147 ATGGCGATTTCTTCTTCTTCTTCTGCAAAACTGGTCCTCCTTGCTTGCTTCTTGTTGCTCCTTGCTGCTTCAGCAATGGCCGCACCACGCTTCTTCTCTTCTCAGCTCAGGAATGGTGAAGCTGAAGTTGAAACGCACAGGCTAGCGAGCTTCAACGACTCAACAATGGCGGTGAGGGCAAAAGAAGCTGAGGAATTGAATGAGCGTGCTGCGGTGGCTAACCCAGAGGAGGTTGCTTCAATGGTTGCGATGAACATTCACAACAGCACTGAAAGAAGGAAGCTGGGATATTTCTCCTGTGGAACTGGTAACCCCATTGATGATTGCTGGCGTTGTGACCCCAACTGGCAGCAAAACAGGAAGCGCCTTGCCGACTGTGGTATTGGTTTTGGCAGAAACGCCATTGGTGGCCGTGATGGAAAATTCTATGTTGTCACTGACTCCAGGGATGATGACCCTGTTAACCCCAGGCCTGGTACTCTTCGCCATGCTGTTATCCAAGATAGGCCTCTCTGGATTGTGTTCAAGAGGGACATGGTTATCACGCTGAAGCAGGAGCTCATCATGAACAGCTTCAAGACAATTGATGGCAGAGGAGCCAATGTCCACATTGCTAATGGAGGGTGCATCACAATCCAGTATGTTACCAATGTCATCATCCATGGCCTGCATGTCCATGACTGCAAACCCACTGGGAATGCTATGGTAAGAAGCTCCCCAACACACTTTGGGTGGAGGACAATGGCTGATGGAGATGCCATCTCCATATTTGGCTCAAGTCACATCTGGGTCGATCACAACTCCTTGTCCCATTGTGCTGATGGTCTTGTGGATGCTGTCATGGGCTCAACAGCTATTACAATTTCCAACAACCACCTCACCCACCACAATGAGGTGATCCTGCTGGGCCACAGTGACTCTTACACTAGAGACAAGCAAATGCAAGTGACCATCGCCTATAACCACTTTGGAGAGGGACTGATCCAGAGAATGCCACGGTGTAGACATGGATATTTCCATGTGGTGAACAATGACTACACTCACTGGGAGATGTATGCTATTGGTGGAAGTGGTAACCCCACTATCAACAGCCAGGGCAACCGATACAATGCTCCTCTTAACCCTTTTGCCAAGGAGGTGACTAAGAGGGTGGAAACAGCTCAAACTGAGTGGAAAGGTTGGAATTGGAGATCAGAGGGAGACTTGCTGCTGAATGGTGCTTACTTCACCCCATCTGGAGCTGGAGCATCAGCTAGCTATGCCAGGGCCTCTAGCTTAGGAGCTAAATCTTCTTCAATGGTTGGTACTATGACTTCTAATGCTGGTGCACTCGGTTGCCGCAGAGGCCGCTCCTGCTAG 1359 0.4974 MAISSSSSAKLVLLACFLLLLAASAMAAPRFFSSQLRNGEAEVETHRLASFNDSTMAVRAKEAEELNERAAVANPEEVASMVAMNIHNSTERRKLGYFSCGTGNPIDDCWRCDPNWQQNRKRLADCGIGFGRNAIGGRDGKFYVVTDSRDDDPVNPRPGTLRHAVIQDRPLWIVFKRDMVITLKQELIMNSFKTIDGRGANVHIANGGCITIQYVTNVIIHGLHVHDCKPTGNAMVRSSPTHFGWRTMADGDAISIFGSSHIWVDHNSLSHCADGLVDAVMGSTAITISNNHLTHHNEVILLGHSDSYTRDKQMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSGNPTINSQGNRYNAPLNPFAKEVTKRVETAQTEWKGWNWRSEGDLLLNGAYFTPSGAGASASYARASSLGAKSSSMVGTMTSNAGALGCRRGRSC* 453
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Lja6g0147 452 Pfam Pectate lyase 186 367 IPR002022 -
Lja6g0147 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 150 175 IPR018082 -
Lja6g0147 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 352 371 IPR018082 -
Lja6g0147 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 126 143 IPR018082 -
Lja6g0147 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 423 446 IPR018082 -
Lja6g0147 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 186 202 IPR018082 -
Lja6g0147 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 394 418 IPR018082 -
Lja6g0147 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 250 271 IPR018082 -
Lja6g0147 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 330 349 IPR018082 -
Lja6g0147 452 Gene3D - 103 445 IPR012334 -
Lja6g0147 452 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 80 446 IPR011050 -
Lja6g0147 452 SMART amb_all 178 375 IPR002022 -
Lja6g0147 452 PANTHER PECTATE LYASE 17 449 - -
Lja6g0147 452 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 17 449 IPR045032 GO:0030570
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Lja6g0147 Lja-Chr6 2468419 2473612 Dispersed/Transposed
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Lja6g0147 36 452 Polysaccharide Lyase AT4G13710 78.169 0.0 714
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Lja6g0147 K01728 - gmx:100808253 795.038
       

Event-related genes

Select Gene_1 Chr_1 Start_1 End_1 Gene_2 Chr_2 Start_2 End_2 Event_name
Lja6g0147 6 2468419 2473612 Lja6g0147 6 2468419 2473612 ECH