Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Lele40g0978 ATGATGGAGGTTTCTCCGAAATGGTCATCGTTCATCGTTTTCGTTCTGGCTTTGGCTCTGCTTTTATCTAGCGCCAAGCCATTGTATGGGGATTATAATGAGAAAGGCCATCTTGTACAGTCAAGGAATGTAGAAACACAGAAGTTGCAGAGTTTGAAGAATTCATCAATGGCGGACAGGTTAGATGATGCTCTCAACGAACAAGGTGTGGATGATCCAGAGGAGATAGCTTCCATGGTTGATATGACCATTCGCAATCATACTGAAAGAAGGAATTTGGGTTTCTTCTCATGTGTGACTGGGAATCCAATTGATGACTGCTGGCGCTGTGACAAACTTTGGCACAGACGGCGAAAGCGTTTGGCCAATTGTGGAATTGGTTTTGGACGTAATGCCATTGGTGGTCGTGATGGAAGGTTCTATATTGTCACTGATTCAAGAGATGACGACCCAGTTAACCCAATACCAGGTACCCTACGCCACGCGGTTATTCAAGACAGACCCTTGTGGATTGTGTTCAAGAGGGACATGGTTATCACTTTAAAGCAAGAGCTTATCATGAACAGCTTCAAGACCATAGATGGTCGTGGAGTGAATGTGCACATTGCTTATGGGGGTTGCATTACTATACAATTCGTCACCAATGTCATCATACATGGTTTACATATCCATGACTGCAAACGAACTGGTAATGCAATGGTTCGCAGCTCACCAACTCATTATGGTTGGAGAACTATGGCTGATGGAGATGGGATTTCCATCTTTGGTTCAAGCCACATTTGGATTGACCATAACTCACTGTCTAATTGCGCTGATGGCCTTGTTGATGCAATTATGGGCTCCACTGCTATTACCATTTCCAACAACTACTTCACCCACCACAATGAGGTTATGCTACTGGGTCACAGCGATTCATATGTAAGAGATAAGCAGATGCAAGTAACCATTGCCTACAATCATTTTGGGGAGGGTCTTATCCAGAGAATGCCGAGGTGCAGACATGGGTACTTCCATGTGGTAAACAATGACTATACCCACTGGGAAATGTATGCAATTGGTGGCAGTGCTAATCCCACCATTAACAGCCAAGGCAACCGATACCTTGCCCCTCGAAACCGATTTGCTAAGGAGGTGACAAAGAGAGTGGATACAGACTCTAGGATATGGAGGCATTGGAATTGGAGATCAATGGGAGACCTTATGTTAAATGGAGCCTATTTCACTTCATCAGGAAAGGGTGCTGCAGCAAGCTATGCCAGAGCCTCCAGTTTAGGGGCCAAGTCTTCTTCTATGGTTGGTGTCATTACTTCTGGAGCTGGTGTTCTTACCTGCCGCAGGGGCTTCACCTGTTAA 1353 0.4516 MMEVSPKWSSFIVFVLALALLLSSAKPLYGDYNEKGHLVQSRNVETQKLQSLKNSSMADRLDDALNEQGVDDPEEIASMVDMTIRNHTERRNLGFFSCVTGNPIDDCWRCDKLWHRRRKRLANCGIGFGRNAIGGRDGRFYIVTDSRDDDPVNPIPGTLRHAVIQDRPLWIVFKRDMVITLKQELIMNSFKTIDGRGVNVHIAYGGCITIQFVTNVIIHGLHIHDCKRTGNAMVRSSPTHYGWRTMADGDGISIFGSSHIWIDHNSLSNCADGLVDAIMGSTAITISNNYFTHHNEVMLLGHSDSYVRDKQMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSANPTINSQGNRYLAPRNRFAKEVTKRVDTDSRIWRHWNWRSMGDLMLNGAYFTSSGKGAAASYARASSLGAKSSSMVGVITSGAGVLTCRRGFTC 450
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Lele40g0978 450 Gene3D - 101 443 IPR012334 -
Lele40g0978 450 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 79 444 IPR011050 -
Lele40g0978 450 FunFam Pectate lyase 101 443 - -
Lele40g0978 450 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 328 347 IPR018082 -
Lele40g0978 450 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 350 369 IPR018082 -
Lele40g0978 450 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 184 200 IPR018082 -
Lele40g0978 450 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 124 141 IPR018082 -
Lele40g0978 450 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 421 444 IPR018082 -
Lele40g0978 450 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 248 269 IPR018082 -
Lele40g0978 450 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 392 416 IPR018082 -
Lele40g0978 450 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 148 173 IPR018082 -
Lele40g0978 450 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 71 447 IPR045032 GO:0030570
Lele40g0978 450 SMART amb_all 176 373 IPR002022 -
Lele40g0978 450 Pfam Pectate lyase 185 365 IPR002022 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Lele40g0978 Lele-ChrLele40 20237984 20242085 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Lele40g0978 41 450 Polysaccharide Lyase AT4G13710 77.033 0.0 680