Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Lele19g0670 ATGTTATATGTACGTTGTATTTTCTTGCGTGATTACTGGAGGCATAAATTAATTTTTGAAATATTGTATGTATCTTGCATGTTGATCAATATCAGACCTAATATGCTCATCAACGTTTCTGCGCAGATTATAGGGATGGCTTTCTTTGGTAGAGTTGGGAATATACTAAGACAGGCTGCAAATAAGCAGCTCAGTTCAGAATTACGTTCAGCTCCATCTATGTTCCAGCCTATACGGTGCATGTCATCTGCCGCAAGTTCAAGGGTGTTTGTAGGAGGACTGTCATATAACACTGATGAGCAAGGTTTGAGGGAAGCTTTTGCGAAATATGGTGAAGTAGTTGATGCTAGGGTAATTATGGATCGCGAGACTAATAGATCTAGAGGTTTTGCCTTTGTCACTTTCACATCTGTTGAGGAGGCATCAAGTGCCATTCAGGCCTTAGATGGACAGGATCTCGATGGTCGCCGAGTTCGGGTAAATTATGCTAATGAGAGGCCTCGATATGGTAGTGGTGGTGGTGGTTTTGGTGGTTCTTATGGCAGTGCTCCCTATGGTGGTGGTGCTGGTGCTGGCTATGGAGGCGGTTATGGTAACTCTCCCTATGGTAGTTCTGGTGCATATGGTGGCAATGCTGCTGGAGGTTATGGTGGTGGCGGATATGGTGGAGGAAGTTATGGATCAGGTGGCAGCACTGACAATAACTATGCTTCTAACAATTTTGGAGCCGGAGCTGCAGTAGGCAGTTATGGAAATGATGGTAACTTTGCAAGTGGAACCCCTTATGGTGGTGGAAGTGGTGGAGGATATGGTGGTAGCAGTGGCAGTGGAGCCGCTGCTGACAGCTGTGGAACTGGAAGTGCGGATGGTGGCTTTGGCAGAAGCAATTATGCAAATGATGAAAACTTTGCAAGTGGAAGCCCTTACGCTGGTGGTAGCAGTGGAGAATATGGCGGCAACGGCAGAACCTTTGGTGTTGCTGGTGGCGGTGGACGTAGTGATAACTATGGAAGTGCTCCTAGTTTTGGTGCTGCTGCAGGTGGTGGCAGTGATAGCTTTGGTGGTGCTGCTGCAGGTGGTGGCAGTGATAGCTTTGGCGGTGCTGCTGCAGGTGGTGGCAGTGATAGCTTTGGCGGTGCTGCTGCAGGTGGTGGCAGTGATGACTTTGGCGGTTCTGCTGATTTTGGTAGCAGCAGTGGTCCAGGTTCAGGCAGTGGCTTTGCCGGTGGATACAATGGAAACATAGGCAGCAGTGGTCAATTGTATGGCAAAGAAAGCGACAATATAGGTCAGGATATTGGAGATCTTGGGGGCACAATAGAGGAAAGCTTCCGGGATGATGATGATGATGATGATGACCCTTTTGCCAAAAGGGCTTGA 1380 0.4804 MLYVRCIFLRDYWRHKLIFEILYVSCMLINIRPNMLINVSAQIIGMAFFGRVGNILRQAANKQLSSELRSAPSMFQPIRCMSSAASSRVFVGGLSYNTDEQGLREAFAKYGEVVDARVIMDRETNRSRGFAFVTFTSVEEASSAIQALDGQDLDGRRVRVNYANERPRYGSGGGGFGGSYGSAPYGGGAGAGYGGGYGNSPYGSSGAYGGNAAGGYGGGGYGGGSYGSGGSTDNNYASNNFGAGAAVGSYGNDGNFASGTPYGGGSGGGYGGSSGSGAAADSCGTGSADGGFGRSNYANDENFASGSPYAGGSSGEYGGNGRTFGVAGGGGRSDNYGSAPSFGAAAGGGSDSFGGAAAGGGSDSFGGAAAGGGSDSFGGAAAGGGSDDFGGSADFGSSSGPGSGSGFAGGYNGNIGSSGQLYGKESDNIGQDIGDLGGTIEESFRDDDDDDDDPFAKRA 459
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Lele19g0670 459 Gene3D - 54 182 IPR012677 -
Lele19g0670 459 MobiDBLite consensus disorder prediction 364 459 - -
Lele19g0670 459 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 89 159 IPR000504 GO:0003723
Lele19g0670 459 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 85 195 IPR035979 GO:0003676
Lele19g0670 459 SMART rrm2_1 88 161 IPR003954 GO:0003676
Lele19g0670 459 CDD RRM_HP0827_like 88 164 - -
Lele19g0670 459 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 87F-RELATED 51 242 - -
Lele19g0670 459 SMART rrm1_1 88 161 IPR000504 GO:0003723
Lele19g0670 459 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 87 165 IPR000504 GO:0003723
Lele19g0670 459 MobiDBLite consensus disorder prediction 392 425 - -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Lele19g0670 Lele-ChrLele19 3866817 3869033 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Lele19g0670 89 175 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT4G34110 37.931 1.74e-10 61.2