Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Lan12g0009 ATGGAGTCTTCCACGAACTGGTTCACGTTTTTAGTTATGGTTATTGCTTTGCTTTCAACTTGCGTCATTGCAATCAATGAGAATGAGAACAATGTAGGTATGGAGAGGTTGCAGAGATTGAAGAACTCTTCAATGGTGGAAAGATCAGGTGATGATGATTTAAATGAACATGCTGTTGATAACCCAGAGGAGATAGCTTCTATGGTTGAAATGAGCATTCACAATTACACAGCAAGGAGGAATCTGAATTTCTTCTCATGTGGGACTGGTAACCCAATTGATGACTGCTGGCGCTGTGACAAGACTTGGTATGCTCGGCGAAAGCGGTTGGCTAATTGCGCCATCGGCTTCGGGCGCAATGCCATCGGTGGCCGTGATGGAAGGTACTATGTTGTGAGTGATCCAGGTGATGATGACCCTGTCAACCCCAGACCAGGTACCCTCCGTCATGCTGTTATTCAGGACAGGCCCTTATGGATTGTTTTCAAGAGGAGCATGGTTATCACTTTGAAGCAAGAGCTGATTATGAATAGCTTCAAGACCATAGATGCTCGTGGTGTCAATGTGCACATTGCTTATGGTGCTTGTATTACAATCCAGTTCATTACCAATGTCATCATCCATGGCCTTCATATCCATGATTGCAAGCCTACTGGCAATGCCATGGTCCGTAGTTCACCCTCACATTATGGATGGAGGACTATGGCTGATGGAGATGGAATTTCCATATTTGGTTCAAGCCATATATGGATTGACCACAATTCATTGTCTAATTGTGCAGATGGCCTTATTGATGCCATTATGGGATCAACTGCCATTACAGTTTCCAATAACTACTTCACCCACCACAATGAGGTGATGCTACTGGGTCACAGTGACACTTATGTCAGAGACAAGCAGATGCAGGTGACCATTGCCTACAACCATTTTGGGGAGGGCCTTATTCAAAGAATGCCAAGGTGCAGACATGGATATTTCCATGTTGTAAACAATGATTATACCCACTGGGAAATGTATGCAATTGGTGGCAGTGCTAATCCAACAATTAACAGCCAGGGTAATCGATACCTTGCGCCTCTGAACCCTTTCGCTAAGGAGGTGACACATAGGGTGGATGCTGGGGACCAATGGAAAGGTTGGAATTGGAGATCCGAGGGAGACTTACTACTGAATGGAGCATTTTTCACTGCTTCAGGAGTCAGAACTGCTGCAAGCTATGCCAGAGCCTCAAGTCTTGGTGCCAAATCCTCTTCTTTGGTTGGAACCCTCACTTCTGGTGCAGGTGTTCTTAACTGCCGCAGGGGCACAATGTGTTAA 1317 0.4541 MESSTNWFTFLVMVIALLSTCVIAINENENNVGMERLQRLKNSSMVERSGDDDLNEHAVDNPEEIASMVEMSIHNYTARRNLNFFSCGTGNPIDDCWRCDKTWYARRKRLANCAIGFGRNAIGGRDGRYYVVSDPGDDDPVNPRPGTLRHAVIQDRPLWIVFKRSMVITLKQELIMNSFKTIDARGVNVHIAYGACITIQFITNVIIHGLHIHDCKPTGNAMVRSSPSHYGWRTMADGDGISIFGSSHIWIDHNSLSNCADGLIDAIMGSTAITVSNNYFTHHNEVMLLGHSDTYVRDKQMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSANPTINSQGNRYLAPLNPFAKEVTHRVDAGDQWKGWNWRSEGDLLLNGAFFTASGVRTAASYARASSLGAKSSSLVGTLTSGAGVLNCRRGTMC* 439
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Lan12g0009 438 SMART amb_all 165 362 IPR002022 -
Lan12g0009 438 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 113 130 IPR018082 -
Lan12g0009 438 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 137 162 IPR018082 -
Lan12g0009 438 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 173 189 IPR018082 -
Lan12g0009 438 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 237 258 IPR018082 -
Lan12g0009 438 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 317 336 IPR018082 -
Lan12g0009 438 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 339 358 IPR018082 -
Lan12g0009 438 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 380 404 IPR018082 -
Lan12g0009 438 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 409 432 IPR018082 -
Lan12g0009 438 Pfam Pectate lyase 194 354 IPR002022 -
Lan12g0009 438 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 11 435 IPR045032 GO:0030570
Lan12g0009 438 PANTHER PECTATE LYASE 11 435 - -
Lan12g0009 438 Gene3D - 90 431 IPR012334 -
Lan12g0009 438 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 68 433 IPR011050 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Lan12g0009 Lan-Chr12 73237 80165 Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Lan12g0009 35 438 Polysaccharide Lyase AT4G13710 76.456 0.0 668
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Lan12g0009 K01728 - gmx:100809277 777.319