Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Lal19g0110 ATGGAAGTTCAATTGTTCAAGTTTTTTGTTTTCGTTATGGCGTTGCTTTCAACTTCCGCCATGGCAATCAATGAGATCAATGCGGGAATGGAGAGTTTGCAGAGATCTAAGAATTCTTCAATGGTGGAAAGGTCAGGTGAGGATGCTTTGAATGAGCATGCTGTTGATAAACCAGAGGAGATAGCATCTAATGTTGAAATGAGCATTCACAATTACACAGCGAGAAGGAATCTGAATTTCTTCTCATGTGGGACTGGGAACCCAATTGATGATTGTTGGCGCTGTGACAAGCTTTGGTATGCTCGCCGAAAGCATTTGGCTAATTGTGCCATTGGTTTCGGGCGCAATGCCATTGGTGGCCGTGACGGAAGATACTATGTCGTGAGTGACCCAGGTGATGATGACCCTGTCAGCCCCAGACCAGGTACCCTCCGCCACGCCGTTATTCAGGACAGGCCCTTGTGGATTGTGTTCAAGAGGGACATGGTTATCACTTTGAAGCAAGAGCTTATTATGAATAGTTTCAAGACCATTGATGCTCGTGGTGTAAATGTGCACATTGCTTATGGTGCTTGCATTACCATCCAGTTCATCACCAATGTCATCATCCATGGTCTACATATCCATGACTGCAAGCCTACTGGCAATGCCATGGTTCGTAGCTCGCCCTCACATTATGGATGGAGGACCATGGCTGATGGGGATGGAATTTCAATCTTTGGTTCAAGCCACATTTGGATTGACCACAACTCATTGTCTAATTGCGCAGATGGCCTTATTGACGCCATTATGGGCTCAACTGCCATTACCATCTCCAACAATTTCTTCACCCACCATAATGAGGTCATGCTACTGGGTCACAGTGACACTTATGTCCGAGACAAGCAGATGCAAGTGACCATTGCCTACAACCATTTTGGTGAGGGTCTTATTCAAAGAATGCCAAGGTGCAGACATGGGTATTTCCATGTGGTAAACAATGATTATACCCACTGGGAAATGTATGCAATAGGTGGCAGTGCTAATCCAACAATTAACAGCCAGGGTAATCGTTACCTTGCGCCTCAGAACCCTTTCGCTAAGGAGGTGACACATAGAGTGAATGGAGGTGACAACCAATGGAAAGGTTGGAATTGGAGGTCTGAGGGAGACCTACTTCTGAATGGAGCATTTTTCACTGCTTCAGGAGTCAGAACTGCTGCAAGCTATGCCAGAGCCTCAAGTCTTGGGGCCAAATCCTCTTCTTTGGTTGGAACTCTCACTTCAGGTGCAGGTGTTCTTAACTGCCGCAGGGGTAATATGTGTTAA 1308 0.4602 MEVQLFKFFVFVMALLSTSAMAINEINAGMESLQRSKNSSMVERSGEDALNEHAVDKPEEIASNVEMSIHNYTARRNLNFFSCGTGNPIDDCWRCDKLWYARRKHLANCAIGFGRNAIGGRDGRYYVVSDPGDDDPVSPRPGTLRHAVIQDRPLWIVFKRDMVITLKQELIMNSFKTIDARGVNVHIAYGACITIQFITNVIIHGLHIHDCKPTGNAMVRSSPSHYGWRTMADGDGISIFGSSHIWIDHNSLSNCADGLIDAIMGSTAITISNNFFTHHNEVMLLGHSDTYVRDKQMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSANPTINSQGNRYLAPQNPFAKEVTHRVNGGDNQWKGWNWRSEGDLLLNGAFFTASGVRTAASYARASSLGAKSSSLVGTLTSGAGVLNCRRGNMC 435
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Lal19g0110 435 Gene3D - 86 428 IPR012334 -
Lal19g0110 435 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 109 126 IPR018082 -
Lal19g0110 435 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 133 158 IPR018082 -
Lal19g0110 435 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 169 185 IPR018082 -
Lal19g0110 435 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 233 254 IPR018082 -
Lal19g0110 435 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 313 332 IPR018082 -
Lal19g0110 435 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 335 354 IPR018082 -
Lal19g0110 435 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 377 401 IPR018082 -
Lal19g0110 435 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 406 429 IPR018082 -
Lal19g0110 435 SMART amb_all 161 358 IPR002022 -
Lal19g0110 435 PANTHER PECTATE LYASE 34 432 - -
Lal19g0110 435 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 34 432 IPR045032 GO:0030570
Lal19g0110 435 Pfam Pectate lyase 190 350 IPR002022 -
Lal19g0110 435 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 64 430 IPR011050 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Lal19g0110 Lal-Chr19 849699 855361 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Lal19g0110 31 435 Polysaccharide Lyase AT4G13710 75.971 0.0 661
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Lal19g0110 K01728 - gmx:100809277 755.747