Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Gso16g1141 ATGACTTATCAAGTAATCAATTATATCCTTTGGTGCTTTGTTTTAGCTGTTGTGAGTGTCACCATGTTCAATCCAAAAGTTAGTTCTGCCAGCAAACAATCCAAGTTAGAAGGCTTGGAAATGAATGAGATCGATCAATGTTGGAGATTGAATCCAGAATGGAGGAAACACCGTTCACAACTTGCCAAATGTTCAGTGGGCTATGTAGGGAAGATGACAAATAATATTGGTAATGACCTCATTCATTACAAAGTTATTGATCCTAGTGACGACCCAATAAACCCTAAAAATGGCACCTTGAGATATGGAGCTTCTAGGATTCAAGGCAAAGTTTGGATCACATTCCAAAGAGACATGCACATCAGGCTCGAGAAACCCCTTCTCATTAGTAGCTTCACTACTATTGATGGTCGAGGTGTTAATGTTCACATTGTTGATAATGCATGTTTGATGATCTTTAAGGCAACCAACATAATCATCCATGGCCTTAGAATTCATCACTGTCGACCTCAAGCTCCTGGAATGGTAATGGGACCTAATGGAGAAGTGATACCTTTAGGTCAAGTTGATGGAGATGCAATAAGATTGGTTACAGCTTCAAAGATTTGGATTGATCACAACACACTTTACGATTGTCAAGATGGTCTCCTTGATGTCACACGTGGTTCCACTAATGTGACTATCTCAAACAATTGGTTTAGAGAGCAAAATAAGGTTATGCTTCTCGGACATGATGATGGGTATATGAGAGACAAGGATATGATGGTCACTGTCGTATATAACTATTTTGGACCTAATTGCCACCAACGCATGCCAAGAATTCGCCATGGGTATGCACATGTTGCAAACAATCTTTATATGGGATGGGTACAATATGCCATAGGTGGTAGCATGGAACCTAGCCTCAAAAGCGAATCAAACCTCTTTATAGCACCAACGTCAGGGCGTAAAGAGGTAACATGGAGAAAAAGTAATGGTATTGGAGACTCGTGGGAATTCCATTCGGTGGGGGATGTTTTTGAAAATGGTGCATCTTTCATGGAAACACAAGGTGGACAAGTACCAAAGCCAAATTATAATCCTGAGCAAAGTTTTAAAGTTGTTGATGCCAAATGTGTGAGATCATTGACTATCTCATCTGGAGTGTTACGATGCAGTAAAACCTCTATTTGTTAA 1176 0.3988 MTYQVINYILWCFVLAVVSVTMFNPKVSSASKQSKLEGLEMNEIDQCWRLNPEWRKHRSQLAKCSVGYVGKMTNNIGNDLIHYKVIDPSDDPINPKNGTLRYGASRIQGKVWITFQRDMHIRLEKPLLISSFTTIDGRGVNVHIVDNACLMIFKATNIIIHGLRIHHCRPQAPGMVMGPNGEVIPLGQVDGDAIRLVTASKIWIDHNTLYDCQDGLLDVTRGSTNVTISNNWFREQNKVMLLGHDDGYMRDKDMMVTVVYNYFGPNCHQRMPRIRHGYAHVANNLYMGWVQYAIGGSMEPSLKSESNLFIAPTSGRKEVTWRKSNGIGDSWEFHSVGDVFENGASFMETQGGQVPKPNYNPEQSFKVVDAKCVRSLTISSGVLRCSKTSIC* 392
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Gso16g1141 391 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 26 383 IPR011050 -
Gso16g1141 391 PANTHER PECTATE LYASE 3 388 - -
Gso16g1141 391 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 89 114 IPR018082 -
Gso16g1141 391 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 126 142 IPR018082 -
Gso16g1141 391 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 190 211 IPR018082 -
Gso16g1141 391 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 270 289 IPR018082 -
Gso16g1141 391 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 292 311 IPR018082 -
Gso16g1141 391 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 331 355 IPR018082 -
Gso16g1141 391 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 362 385 IPR018082 -
Gso16g1141 391 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 3 388 IPR045032 GO:0030570
Gso16g1141 391 Gene3D - 41 384 IPR012334 -
Gso16g1141 391 Pfam Pectate lyase 129 309 IPR002022 -
Gso16g1141 391 SMART amb_all 118 315 IPR002022 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Gso16g1141 Gso-Chr16 30358323 30360053 Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Gso16g1141 72 319 Polysaccharide Lyase AT5G09280 70.968 2.23e-138 395
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Gso16g1141 K01728 - gmx:100811216 816.994