Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Gma16g01304 ATGACTTATCAAGTAATCAATTATATCCTTTGGTGCTTTGTTTTAGCTGTTGTGAGTGTCACCATGTTCAATCCAAAAGTTAGTTCTGCCAGCAAACAATCCAAGTTAGAAGGCTTGGAAATGAATGAGATCGATCAATGTTGGAGATTGAATCCAGAATGGAGGAAACACCGTTCACAACTTGCCAAATGTTCAGTGGGCTATGTAGGGAAGATGACAAATAATATTGGTAATGACCTCATTCATTACAAAGTTATTGATCCTAGTGACGACCCAATAAACCCTAAAAATGGCACCTTGAGATATGGAGCTTCTAGGATTCAAGGCAAAGTTTGGATCACATTCCAAAGAGACATGCACATCAGGCTCGAGAAACCCCTTCTCATTAGTAGCTTCACTACTATTGATGGTCGAGGTGTTAATGTTCACATTGTTGATAATGCATGTTTGATGATCTTTAAGGCAACCAACATAATCATCCATGGCCTTAGAATTCATCACTGTCGACCTCAAGCTCCTGGAATGGTAATGGGACCTAATGGAGAAGTGATACCTTTAGGTCAAGTTGATGGAGATGCAATAAGATTGGTTACAGCTTCAAAGATTTGGATTGATCACAACACACTTTACGATTGTCAAGATGGTCTCCTTGATGTCACACGTGGTTCCACTAATGTGACTATCTCAAACAATTGGTTTAGAGAGCAAAATAAGGTTATGCTTCTCGGACATGATGATGGGTATATGAGAGACAAGGATATGATGGTCACTGTCGTATATAACTATTTTGGACCTAATTGCCACCAACGCATGCCAAGAATTCGCCATGGGTATGCACATGTTGCAAACAATCTTTATATGGGATGGGTACAATATGCCATAGGTGGTAGCATGGAACCTAGCCTCAAAAGCGAATCAAACCTCTTTATAGCACCAACGTCAGGGCGTAAAGAGGTAACATGGAGAAAAAGTAATGGTATTGGAGACTCGTGGGAATTCCATTCGGTGGGGGATGTTTTTGAAAATGGTGCATCTTTCATGGAAACACAAGGTGGACAAGTACCAAAGCCAAATTATAATCCTGAGCAAAGTTTTAAAGTTGTTGATGCCAAATGTGTGAGATCATTGACTATCTCATCTGGAGTGTTACGATGCAGTAAAACCTCTATTTGTTAA 1176 0.3988 MTYQVINYILWCFVLAVVSVTMFNPKVSSASKQSKLEGLEMNEIDQCWRLNPEWRKHRSQLAKCSVGYVGKMTNNIGNDLIHYKVIDPSDDPINPKNGTLRYGASRIQGKVWITFQRDMHIRLEKPLLISSFTTIDGRGVNVHIVDNACLMIFKATNIIIHGLRIHHCRPQAPGMVMGPNGEVIPLGQVDGDAIRLVTASKIWIDHNTLYDCQDGLLDVTRGSTNVTISNNWFREQNKVMLLGHDDGYMRDKDMMVTVVYNYFGPNCHQRMPRIRHGYAHVANNLYMGWVQYAIGGSMEPSLKSESNLFIAPTSGRKEVTWRKSNGIGDSWEFHSVGDVFENGASFMETQGGQVPKPNYNPEQSFKVVDAKCVRSLTISSGVLRCSKTSIC 391
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Gma16g01304 391 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 26 383 IPR011050 -
Gma16g01304 391 PANTHER PECTATE LYASE 3 388 - -
Gma16g01304 391 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 89 114 IPR018082 -
Gma16g01304 391 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 126 142 IPR018082 -
Gma16g01304 391 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 190 211 IPR018082 -
Gma16g01304 391 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 270 289 IPR018082 -
Gma16g01304 391 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 292 311 IPR018082 -
Gma16g01304 391 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 331 355 IPR018082 -
Gma16g01304 391 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 362 385 IPR018082 -
Gma16g01304 391 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 3 388 IPR045032 GO:0030570
Gma16g01304 391 Gene3D - 41 384 IPR012334 -
Gma16g01304 391 Pfam Pectate lyase 129 309 IPR002022 -
Gma16g01304 391 SMART amb_all 118 315 IPR002022 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Gma16g01304 Gma-Chr16 31694636 31696366 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Gma16g01304 72 319 Polysaccharide Lyase AT5G09280 70.968 2.23e-138 395
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Gma16g01304 K01728 - gmx:100811216 816.994