Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Glsi13g1087 ATGGGTGTTCCCCATCTCCATACACCAACAGAGAAACAGAGAAGGAAGGTTACAGCAATGGCTTTCTTGGCTAGAATTGGGAATATACTAAGACAGGCTGCAAATAAGCAGATCAGTTCAGAATTACGTTCAACGCCATCTATTTTCCAGGCTATACGGTGCATGACATCTGCTGCAAGTTCAAAGCTGTTTATAGGAGGATTGTCATTTTCTACTGATGAGCAAAGTTTGAGGGAAGCTTTTGCTAAATATGGCGAAATAGTTGATGCAAGGATAATTATGGATCGCGACACTGGAAGATCCAGAGGATTTGGCTTTATTACTTTCACTTCTGTTGAGGAGGCATCAAGTGCCATTCAGGCCTTGGATGGACAGGATCTTCATGGTCGCCGAGTAAGGGTTAATTATGCTAATGAAAGGAATCGCGGATTTGGTGGTGGTGGTTTTGGTGGTTCTTATGGTAATGCTCCATATGGTGCTGCAGCTGGTGCTGGCTATGGAGGTGGTTATGGTAACCCTCAGTATGGCGGTTCTGGTGCATATGGAGGCAATGTTTCTGGAGGTTATGGTGGAGGAAGCTATGGATCAGGTGGCAATTTTGGGGGCAGCACTGGCAATAACTATTCTGCTGACAGTTTCGGAACTGGAACTGCCGGTGGCAGTTACAGCGGAAGTGGAATGAATTATGGGAATGAAAGTAACTTTGCAAGTGGAAGCAATTATGCGGATGGAAGTAGTGGAGGCTATGGTGGTAACAGTGGAAGTGGAACTGCTGCTGACAGTTTTGGAACTGGAAGTGCTGGTGGCAGCAGTGGAGGCTATGGTGTCAACAATGTGAACTTTGGTGTTGCTGGTGGTGGTGGAGGTAGTGATAACTATGGTAGCGCTCCTAGTTTTGGCAGTGCTACTGGTGGAGGTAGTGATAGCTATGGCAGTCCTGCTGGATTTGGCAGCAATGATAACTATGGTAGTTCTGCTGGTTTCAGTAGCAGTGATAATTATGCCAGTGCTGGTGCTAGCGACGGAAGAGCTGTGGGGTATGGCAGTGGTGGTACGGGTTCTGGCAGCAGCTTTCCCAGTGGATATGATGGAAGTGGAGGACTGGACTTTGGTAGCAGCAGTCAATTGGATAGCAAAGAAAGTGGCAATGTTGGTAAGGGTGTAGGAGAGTATGGGAGCCCATTGGAGGAAAACTTCAGGGATGATGATGATGATACTGATAATTTTGCCAAAAGGGCTTGA 1242 0.4678 MGVPHLHTPTEKQRRKVTAMAFLARIGNILRQAANKQISSELRSTPSIFQAIRCMTSAASSKLFIGGLSFSTDEQSLREAFAKYGEIVDARIIMDRDTGRSRGFGFITFTSVEEASSAIQALDGQDLHGRRVRVNYANERNRGFGGGGFGGSYGNAPYGAAAGAGYGGGYGNPQYGGSGAYGGNVSGGYGGGSYGSGGNFGGSTGNNYSADSFGTGTAGGSYSGSGMNYGNESNFASGSNYADGSSGGYGGNSGSGTAADSFGTGSAGGSSGGYGVNNVNFGVAGGGGGSDNYGSAPSFGSATGGGSDSYGSPAGFGSNDNYGSSAGFSSSDNYASAGASDGRAVGYGSGGTGSGSSFPSGYDGSGGLDFGSSSQLDSKESGNVGKGVGEYGSPLEENFRDDDDDTDNFAKRA 413
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Glsi13g1087 413 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 63 133 IPR000504 GO:0003723
Glsi13g1087 413 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 60 171 IPR035979 GO:0003676
Glsi13g1087 413 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 61 139 IPR000504 GO:0003723
Glsi13g1087 413 SMART rrm1_1 62 135 IPR000504 GO:0003723
Glsi13g1087 413 MobiDBLite consensus disorder prediction 333 413 - -
Glsi13g1087 413 CDD RRM2_NsCP33_like 62 137 - -
Glsi13g1087 413 FunFam Glycine-rich RNA-binding protein 3, mitochondrial 31 203 - -
Glsi13g1087 413 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 87F-RELATED 44 244 - -
Glsi13g1087 413 Gene3D - 28 155 IPR012677 -
Glsi13g1087 413 MobiDBLite consensus disorder prediction 350 381 - -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Glsi13g1087 Glsi-ChrGlsi13 28734679 28738259 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Glsi13g1087 60 141 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT4G34110 29.268 9.41e-07 49.3