Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Glsi13g0005 ATGGATTCAGATCAAGGGAAGCTTTTCATTGGTGGAATATCATGGGAGACAACGGAGGATAAGCTCAAGGAGCATTTCAGCAACTATGGTGATGTCCTTCACGCTTCAGTTATGAGGGAGAAGAACACTGGGAAGCCCAGAGGCTTTGGGTTCGTGTTGTTTGCAGATCCTTCGATTCTCGATAGGGTTCTCGAGGACAAGCACGTAATCGATGGAAGAACGGTAGATGCCAAGAAGGCTTTTTCAAGAGAGGATCAACAAACTTCTGTCACTTCAAGAGCTGGAAATCCTAATTCTTCTAGAAATGCTGGAATTGGTGGAAATATCAGGACCAAAAAAATCTTCGTTGGAGGGTTACCTCCTACTTTGACTGAAGAAAAATTTCGCCTGTATTTTGAGGCTTATGGCCTTGTAACTGATGTAGTAGTCATGTATGACCAGAATACTGGACGGCCACGAGGATTTGGGTTTATTTCCTTTGATACTGAAGAGGCAGTTGACAGGGTTTTGCAAAAGTCATTTCATGATCTAAATGGTAAGCAAGTAGAAGTGAAGCGAGCTTTACCCAAGGATGCCAATCCTGGTGCAAGCAGCCGTACAATGAGTGTTGCTGGAGGTGGTGGTTCTGGAATTGGTGGGTATCAGGGATATGTGGCTTCTGGTGGTAACCAAAATATCTATGATGGTCGGGTGGATTCTAGTAGGTACATGCAACCTCAAAGCACTGGGGGTGGATTCCCACCCTATGGTTCTTCTGGCTATAGCGCTCCTGGCTATGGGTATGGTCCGGCTAACAATGGCTTGGGTTATGGTGGATATGGAAGTTTTGGTGGTGCCAGTGCTGGGTATGGTGGACCTGCTGGTGCAACCTATGGGAATCCCAATGTCCCTAATGCAGGTTATGTTGGTGGTCCACCAGGTGCTCCGAGGAATTCATGGCCTGCTCAAGCTCCCTCTGGTTATGGTTCTATGGGCTATGGGAATACTGCTCCTTGGGGTGCTCCAACTGGTGGTGGCCTTGGTTCAGCACCTGCAGGTCAATCCCCTAGTGGAGCTGCTGGATATGGGAATCAGGGTTATGGATATGGTGGGTATGGAGGGTATGGTGGAAGTGATAGTTCTTATGGGAACCCAAGTGTATATGGTGCTGTTGGAGGGCGCTCTGGGAGTGCCCCAAATGGTAATGCTAGTGGTCCAGGAGGAAATGAACTACAAGGCAGTGGTGGAAACTATATGGGAAGTGGCTATGGGGATGCAAATGGAAGTTCCGGGTATGGAAATGCAGCATGGAGATCTGAATCAGCACTAGCATCTGGAAATTATGGGACTCCTCAGGGGAATGGTCCTCAGGGTGGGCACGTTGGTTATGGTGGTGGCTATGGTGGAGCTCAGTCTCGGCAAGCCCAACAGCAGTAA 1416 0.4845 MDSDQGKLFIGGISWETTEDKLKEHFSNYGDVLHASVMREKNTGKPRGFGFVLFADPSILDRVLEDKHVIDGRTVDAKKAFSREDQQTSVTSRAGNPNSSRNAGIGGNIRTKKIFVGGLPPTLTEEKFRLYFEAYGLVTDVVVMYDQNTGRPRGFGFISFDTEEAVDRVLQKSFHDLNGKQVEVKRALPKDANPGASSRTMSVAGGGGSGIGGYQGYVASGGNQNIYDGRVDSSRYMQPQSTGGGFPPYGSSGYSAPGYGYGPANNGLGYGGYGSFGGASAGYGGPAGATYGNPNVPNAGYVGGPPGAPRNSWPAQAPSGYGSMGYGNTAPWGAPTGGGLGSAPAGQSPSGAAGYGNQGYGYGGYGGYGGSDSSYGNPSVYGAVGGRSGSAPNGNASGPGGNELQGSGGNYMGSGYGDANGSSGYGNAAWRSESALASGNYGTPQGNGPQGGHVGYGGGYGGAQSRQAQQQ 471
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Glsi13g0005 471 CDD RRM2_Hrp1p 113 190 - -
Glsi13g0005 471 CDD RRM1_hnRNPA_hnRNPD_like 8 78 - -
Glsi13g0005 471 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 6 82 IPR000504 GO:0003723
Glsi13g0005 471 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 1 1 471 - -
Glsi13g0005 471 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 111 214 IPR035979 GO:0003676
Glsi13g0005 471 MobiDBLite consensus disorder prediction 437 471 - -
Glsi13g0005 471 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 3 109 IPR035979 GO:0003676
Glsi13g0005 471 Gene3D - 1 93 IPR012677 -
Glsi13g0005 471 Gene3D - 111 191 IPR012677 -
Glsi13g0005 471 FunFam Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1 5 87 - -
Glsi13g0005 471 SMART rrm1_1 113 185 IPR000504 GO:0003723
Glsi13g0005 471 SMART rrm1_1 7 78 IPR000504 GO:0003723
Glsi13g0005 471 FunFam heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1 107 230 - -
Glsi13g0005 471 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 8 75 IPR000504 GO:0003723
Glsi13g0005 471 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 114 181 IPR000504 GO:0003723
Glsi13g0005 471 MobiDBLite consensus disorder prediction 84 105 - -
Glsi13g0005 471 MobiDBLite consensus disorder prediction 81 105 - -
Glsi13g0005 471 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 112 189 IPR000504 GO:0003723
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Glsi13g0005 Glsi-ChrGlsi13 288303 291115 Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Glsi13g0005 8 200 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT2G23350 23.500 2.28e-07 51.6