Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Glsi06g1719 ATGGAGGTTTCTGTGAAATGGTTCACTTTTTGCGTTCTGCTTATGGTGCTGCTTTTAACTGGCGCCAAGGCATTGAATGAGCACGGAAAAGACCGTCTTGTACAGTCAAGTGTTACTTCAAACAGGAATGTAGAAACGAAGAATTTGCAGAGCTTGAAGAATTCATCTATGGCGGAAAGGTCAGATGATACTCCCAATGAGCATGCATTTGATAATCCTGAGGAGATAGCTTCTATGGTGGATATGAGCATACGCAATTATACACAAAGAAGGAATTTGGGTTTTTTCTCTTGCGGGACTGGGAATCCCATTGACGACTGCTGGCGCTGTGACAAAAGTTGGTACCTCCGCCGGAAGGCCTTGGCTGATTGTACAATCGGTTTTGGACGCAATGCCATTGGTGGCCGTGATGGGAAGTACTATGTTGTGACTGATCCAAGTGACGACGACCCTGTTAATCCCAGACCAGGCACCCTCCGCCACGCCGTCATCCAAGACAGGCCCTTGTGGATTGTGTTCAAAAGGGACATGGTGATCACTTTAAAACAAGAGCTTATTATGAATAGCTTTAAGACCATTGACGGTCGTGGCGTCAATGTGCACATTGCTTATGGGGGTTGTATTACCATCCAATTCATCACCAATGTCATCATCCATGGCCTACATATCCATGACTGCAAGCCAACTGGTAACGCAATGGTTCGTAGCTCGCCAACACATTATGGATGGAGGACTATGGCTGATGGGGATGCAATTTCCATCTTTGGTTCGAGCCACATTTGGATTGACCACAACTCACTGTCTAATTGTGCAGATGGCCTTGTTGACGCTATTATGGGATCAACTGCCATTACCATTTCCAACAATTACTTCACTCACCACAATGAGGTTATGCTTCTGGGTCACAGTGACTCTTATGTAAGAGATAAGCAGATGCAAGTGACCATAGCCTACAACCATTTTGGAGAGGGTCTTATTCAAAGAATGCCTAGGTGTAGACATGGGTATTTCCACGTGGTAAACAATGACTACACCCACTGGGAAATGTATGCAATTGGTGGCAGTGCAGATCCCACAATTAACAGCCAGGGCAACCGATACCTAGCCCCTCAGAACGGTTTTGCTAAGGAGGTGACAAAGAGGGTAGAGACAGATGCAGGCGTATGGAAAAATTGGAACTGGAGGTCAGAGGGAGATCTTTTGCTGAATGGTGCCTTTTTCACTTCATCAGGAGCTGGAGCTGCAGCAAGCTATGCAAGAGCTTCAAGTTTAGGTGCCAAATCATCTTCTATGGTTGGTGCCCTTACCTCTGGTGCTGGTGTTCTGAGCTGCCGCAGGGGCTCTTCGTGTTAA 1353 0.4649 MEVSVKWFTFCVLLMVLLLTGAKALNEHGKDRLVQSSVTSNRNVETKNLQSLKNSSMAERSDDTPNEHAFDNPEEIASMVDMSIRNYTQRRNLGFFSCGTGNPIDDCWRCDKSWYLRRKALADCTIGFGRNAIGGRDGKYYVVTDPSDDDPVNPRPGTLRHAVIQDRPLWIVFKRDMVITLKQELIMNSFKTIDGRGVNVHIAYGGCITIQFITNVIIHGLHIHDCKPTGNAMVRSSPTHYGWRTMADGDAISIFGSSHIWIDHNSLSNCADGLVDAIMGSTAITISNNYFTHHNEVMLLGHSDSYVRDKQMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSADPTINSQGNRYLAPQNGFAKEVTKRVETDAGVWKNWNWRSEGDLLLNGAFFTSSGAGAAASYARASSLGAKSSSMVGALTSGAGVLSCRRGSSC 450
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Glsi06g1719 450 Gene3D - 101 443 IPR012334 -
Glsi06g1719 450 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 328 347 IPR018082 -
Glsi06g1719 450 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 124 141 IPR018082 -
Glsi06g1719 450 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 184 200 IPR018082 -
Glsi06g1719 450 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 350 369 IPR018082 -
Glsi06g1719 450 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 248 269 IPR018082 -
Glsi06g1719 450 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 148 173 IPR018082 -
Glsi06g1719 450 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 392 416 IPR018082 -
Glsi06g1719 450 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 421 444 IPR018082 -
Glsi06g1719 450 FunFam Pectate lyase 101 443 - -
Glsi06g1719 450 Pfam Pectate lyase 185 365 IPR002022 -
Glsi06g1719 450 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 68 448 IPR045032 GO:0030570
Glsi06g1719 450 MobiDBLite consensus disorder prediction 51 72 - -
Glsi06g1719 450 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 79 444 IPR011050 -
Glsi06g1719 450 SMART amb_all 176 373 IPR002022 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Glsi06g1719 Glsi-ChrGlsi06 63989138 63993627 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Glsi06g1719 36 450 Polysaccharide Lyase AT4G13710 77.541 0.0 694