Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Gabi125g00002 ATGGCTTTCTTTGGTAGAGTTGGGAATATACTAAGGCAAGCAACGAATAGGAAGATCAGTTCAGAGTTATGTTCATTCCCTTCTGTTTTCCAAGCTATACGGTGTTTTTCAAGTGCTCCAAGCTCAAAGCTGTTTATAGGAGGTGTTTCATATACTACGGATGAGCAAAGTTTGAGGGAAGCATTTTCCAAATATGGCGAAGTTGTTGATGCAAGGATAATTATGGATCGTGAAACTGGTAGGTCCAGAGGATTTGGCTTTATTACTTTCGGTACAGTTGAGGAGGCATCAAGTGCCATTCAGGCCTTGGATGGACAGGATCTGCATGGTCGCCGGGTTAAGGTAAATTTTGCTAGTGAGAGACCCCGTGGATTTGGTGGGGGTGGTTTTGATGGATCCTATGGTGCTGGAGCTGGCAGTGGATATCCAGGTGGATATGGTAACTCTGCATATGGTGCTGCTTCAAGTGGTGGTGGTGGGTATGGTGATGCTGGTGCCTATGGTGGCAATGTTGGTGGAGGTTATGGTAGTAGTGGATATGGTGGCGGCGGCTATGGATCAGGTGGCAGTTTTGGGGGCAGCAGCTCTGGCAACTATGGTGCTGTTGACAGTACTATAAGTGCTGGTGGCAATGTTGCTGGAGGTTATGGTAGCAGTGGATATGGTGGAGGTGGCTATGGATCAGGTGGCAACTTCGTGGGCAGCAGCTCTGGCAATAACTATGGTGCTGATGACAGCACTAGAAGTGCTGGTGGCGGTTATGGTGGAAGTGGAATGAATTATGGGAATGATGGTAGCTTTTCTAGTGGAAACACTTACAATAATGGAACCGGTGGAGGTTATGGTGGTAACAGTGGGAACTATGGTGTTGGTGTTGGAGGAAGTGATAATGTTAACTATGGTAGTGCTCCTAGTGATGGAGGTTATGGTAGCTACGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGCCAGAGTGATAATCATGAAAGTTCTGCTGGATTTGGTGGCAGTGATAATTATGCTAGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGCAGTGACCGTTTTGCCTGA 1059 0.4778 MAFFGRVGNILRQATNRKISSELCSFPSVFQAIRCFSSAPSSKLFIGGVSYTTDEQSLREAFSKYGEVVDARIIMDRETGRSRGFGFITFGTVEEASSAIQALDGQDLHGRRVKVNFASERPRGFGGGGFDGSYGAGAGSGYPGGYGNSAYGAASSGGGGYGDAGAYGGNVGGGYGSSGYGGGGYGSGGSFGGSSSGNYGAVDSTISAGGNVAGGYGSSGYGGGGYGSGGNFVGSSSGNNYGADDSTRSAGGGYGGSGMNYGNDGSFSSGNTYNNGTGGGYGGNSGNYGVGVGGSDNVNYGSAPSDGGYGSYGAGAGAGAGQSDNHESSAGFGGSDNYASAGAGAGGSDRFA 352
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Gabi125g00002 352 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 42 120 IPR000504 GO:0003723
Gabi125g00002 352 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 87F-RELATED 27 213 - -
Gabi125g00002 352 Gene3D - 7 138 IPR012677 -
Gabi125g00002 352 MobiDBLite consensus disorder prediction 311 352 - -
Gabi125g00002 352 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 44 114 IPR000504 GO:0003723
Gabi125g00002 352 FunFam Glycine-rich RNA-binding protein 3, mitochondrial 12 142 - -
Gabi125g00002 352 SMART rrm1_1 43 116 IPR000504 GO:0003723
Gabi125g00002 352 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 38 149 IPR035979 GO:0003676
Gabi125g00002 352 CDD RRM2_NsCP33_like 43 118 - -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Gabi125g00002 Gabi-Chr125 50995 54417 Dispersed/Transposed
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Gabi125g00002 44 122 C2H2 Transcription Factor Family AT2G19380 35.443 1.31e-11 63.9