Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Dere12g0348 ATGGCAGTTAGAGTGGTGAAGTTGGTTAAACAGGAGACACACGCAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGTTGAAGTAACAATGGAGATTTCTGTTTCTGTGAAATGGTTCACTGTAAGCGTTCTGCTTATGGCGCTGCTTTTAACTGGCGCCATGGCATTGAATGAGAATGGGAAAGGCCGTCTTGTACAGCCAAGGAATTTAGAAGAAACCGAGAATGTGCAGAGCTTGAAGAATTCATCAATGGCGGAAAGGTCTAATGATACTTTGAATGAGCAAGCAGTAAATAATCCTGAGGAGATAGCTTCTATGGTTGATTTGAGCATACGCAATCACACGGAAAGAAGGAACTTGGGTTTCTTCTCTTGTGGGACAGGGAATCCCATCGACGACTGCTGGCGGTGTGACCGGAATTGGTACCTCCGCCGGAAAAACTTGGCTAATTGTGCAATTGGCTTTGGACGCAATGCCATTGGTGGCCGAGATGGGAAGTACTATGTTGTGACTGATCCAAGCGATGACGACCCTGTCAACCCAAGACCAGGCACCCTCCGCCACGCCGTGATCCAGGACAGGCCCTTATGGATTGTGTTCAAAAGGGACATGGTCATCACTCTAAAACAAGAGCTTATTATGAATAGCTTTAAGACCATTGATGGACGTGGTGTCAATGTGCACATTGCATATGGGGCTTGTATCACTATCCAATACATCACCAATGTCATCATCCATGGCCTGCATATCCATGACTGCAAACAAACTGGTAACGCAATGGTTCGTAGCTCGCCATCACATTATGGATGGAGGACCATGGCTGATGGAGATGGAATTTCCATCTTTGGTTCGAGCCACATCTGGATCGACCACAACTCACTGTCTAATTGTGCAGATGGCCTTGTTGACGCTGTTATGGGTTCAACTGCCATTACCATTTCCAACAATTACTTCACTCACCACAATGAGGTTATGCTTTTGGGTCATAGTGACTCTTATGTAAGAGATAAGCAGATGCAAGTGACCATTGCCTACAACCATTTTGGGGAGGGTCTTATCCAAAGAATGCCAAGGTGCAGACATGGATATTTCCACGTGGTCAACAATGACTACACCCACTGGGAAATGTATGCAATTGGTGGCAGTGCAAATCCCACCATTAACAGCCAGGGCAATCGATATCTTGCCCCTCAGAACGCTTTTGCTAAAGAGGTGACAAAGAGGGTTGACACTGCGTCAGGTGTATGGAGAAGTTGGAATTGGAGATCAGAGGGAGACCTTTTGTTGAATGGTGCCTACTTCACCTCATCGGGAGCTGGAGCCGGAGCCAGCTATGCCAGAGCTTCAAGTTTAGCGGCCAAATCATCTTCTATGGTTGGTGTCCTTACCTCTGGTGCTGGTGTTCTTAGCTGCCGTAGGGGCTCTACGTGTTGA 1422 0.4698 MAVRVVKLVKQETHAEKERERVEVTMEISVSVKWFTVSVLLMALLLTGAMALNENGKGRLVQPRNLEETENVQSLKNSSMAERSNDTLNEQAVNNPEEIASMVDLSIRNHTERRNLGFFSCGTGNPIDDCWRCDRNWYLRRKNLANCAIGFGRNAIGGRDGKYYVVTDPSDDDPVNPRPGTLRHAVIQDRPLWIVFKRDMVITLKQELIMNSFKTIDGRGVNVHIAYGACITIQYITNVIIHGLHIHDCKQTGNAMVRSSPSHYGWRTMADGDGISIFGSSHIWIDHNSLSNCADGLVDAVMGSTAITISNNYFTHHNEVMLLGHSDSYVRDKQMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSANPTINSQGNRYLAPQNAFAKEVTKRVDTASGVWRSWNWRSEGDLLLNGAYFTSSGAGAGASYARASSLAAKSSSMVGVLTSGAGVLSCRRGSTC 473
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Dere12g0348 473 SMART amb_all 199 396 IPR002022 -
Dere12g0348 473 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 89 471 IPR045032 GO:0030570
Dere12g0348 473 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 415 439 IPR018082 -
Dere12g0348 473 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 171 196 IPR018082 -
Dere12g0348 473 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 351 370 IPR018082 -
Dere12g0348 473 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 444 467 IPR018082 -
Dere12g0348 473 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 147 164 IPR018082 -
Dere12g0348 473 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 373 392 IPR018082 -
Dere12g0348 473 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 207 223 IPR018082 -
Dere12g0348 473 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 271 292 IPR018082 -
Dere12g0348 473 Gene3D - 124 466 IPR012334 -
Dere12g0348 473 Pfam Pectate lyase 208 388 IPR002022 -
Dere12g0348 473 FunFam Pectate lyase 124 466 - -
Dere12g0348 473 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 102 467 IPR011050 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Dere12g0348 Dere-ChrDere12 5912428 5917802 Dispersed/Transposed
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Dere12g0348 68 473 Polysaccharide Lyase AT4G13710 77.053 0.0 683