Gene search


Sequence information


Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Cca03g00660 ATGGCTTTCTTTGGTAGAGTTGGGAACATACTGAGACAAACAACTAATAGGAAGATCAATTCAGAGTTTTGTTCATCCCGATCTGTTTTCCAGGCTATTCGGTGCATGTCTAATGTTCCTCCCAATTCAAAGCTGTATATCGGAGGTGTTTCATATTCTATTGATGAGCAAAGCTTTCGTGAAATTTGTTCAAAATACGGGCAAGTTGTTGATGCAAGGATAGTTATGGATCGCGAAACTGGTAGGCCCAGAGGATTTGGTTTTGTCACTTACAGTACAGTTGAGGAGGCATCAAGTGCCATTCAGGCCTTGGATGGACAGGATCTGCATGGTCGCCGGATCAAGGTAAATTTTGCTGCTGAAAGACCTCGTGGATTTGGTGGTGGTGGTTTTGATGGATCTTATGGCAGTACTCCCTATGGTGCTGGAGCTGGCACCAGTTATCCAGGTAGTTATGGAAACTCTCCATATGGCACTGCTACAAGTGGTGGTGGTTATGATAATACAGGTGGTGGCAATGCTGCTGGAGGTTATGGCAGTAGTGGATATGATGGAGGTGGCAATTTTGGGGGCAGCAGATTTGGCAATAACTACGGTGATGCTGGTGCCTATGGTAGCAATGCTGCTGGAGGTTATGGAAGTGGTAGATATGGTGGAGGATCTGGTGGCAATGCTGGTGCCTATGGTAGCAATGCTGCTGGTGTTTATGGCAGCAGTGGATATGGTGGAGGATCAGGTGGTGATGCTGGTGCCTATGGTAGCAATGCTGCTGGAGGTTATGGCAGCGCTGGATATGGTGGTGATGCTGGTGCCTATGCCTATGGTAGCAATGCTTCTGGAGGTTATGGCAGTGGTGGATATGGTGGAGGATCTGGTGGTGATGCTGGTGCCTATGGTGTTAATGCTTCTGGAGGTTATGGCAGCAGTGGCTATGAAGGATCAGGTGGCAGTTTCGGGGACAGAAGCTCTGGCAAGAACTATGGTGATGCTAGTGCCTTTGGTGGCAATGTTGGTGGAGGTTATGGCAGTGGTGGATATGGTGGAGGACCAGGTGGTGATGCTGGTGCCTATGGTAATGCTGCTGGAGGTTATGGTGGAGGATCAGGTGGCAGTTTTGGGGACAGTGGTTCTGGCAAGAACTATGGTGATGCTGGTCCCAATGCTGCCAGGCATGGAAGCAATGGATATGGTGGAGGATCAGGTGGCAGTTTTGGGAACAGCAGTCCTGGTAAGAACTTTGGTGATGCTGCTGGTGGCAATGCTGCTGGAGGTTACAGTGGCAGTGGATATGGTGGAGAATCAAAGGGCAGCAGTTTTGGGGGAAGCAGCTATGGTGCTGGTGGTGGTTACAGTGGAAATGGAATTAATTATGGAAATGCTGGTAGCTTTCCAAGCAGTAGCACTTACAATGATGGAACAGGTAGAGGCTATGGTGGTAACGGTGAGAATTATGGTGTTGCTGTGGGTGGTGAAGGTAATACTGGTAACTTTGGTGGCACTCCAGGTAGTGGTTATGGTAGTTATGGTGCTTCTGCCGGATTTGGCAAGAGTAATAGTTATGATAGTACTGCAGGAATTGGTGGCAGAAGTAGCTATGGTAGCACTGCTGCTGGTAGCGGCGGCCAGAGTGCTGGTGGTAGTCAACGCCCTGGAAGTGCCATGATGTATGGCAATGTTGGTACAGGTACTACTAACAGTGGCTTTGGTGGTGGATATTATGGCAGCAATGGCCAATTTGCTAGCAATCAAGACAGCAGCAATGTTGGTCAACATGGTGGAGATTTTGGAGGCTCCTTTGAAGAAAATTTCAAGAACGCTGATGGTGAAAATGATGCCTTTGTTAGACGGGCTTGA 1854 0.4849 MAFFGRVGNILRQTTNRKINSEFCSSRSVFQAIRCMSNVPPNSKLYIGGVSYSIDEQSFREICSKYGQVVDARIVMDRETGRPRGFGFVTYSTVEEASSAIQALDGQDLHGRRIKVNFAAERPRGFGGGGFDGSYGSTPYGAGAGTSYPGSYGNSPYGTATSGGGYDNTGGGNAAGGYGSSGYDGGGNFGGSRFGNNYGDAGAYGSNAAGGYGSGRYGGGSGGNAGAYGSNAAGVYGSSGYGGGSGGDAGAYGSNAAGGYGSAGYGGDAGAYAYGSNASGGYGSGGYGGGSGGDAGAYGVNASGGYGSSGYEGSGGSFGDRSSGKNYGDASAFGGNVGGGYGSGGYGGGPGGDAGAYGNAAGGYGGGSGGSFGDSGSGKNYGDAGPNAARHGSNGYGGGSGGSFGNSSPGKNFGDAAGGNAAGGYSGSGYGGESKGSSFGGSSYGAGGGYSGNGINYGNAGSFPSSSTYNDGTGRGYGGNGENYGVAVGGEGNTGNFGGTPGSGYGSYGASAGFGKSNSYDSTAGIGGRSSYGSTAAGSGGQSAGGSQRPGSAMMYGNVGTGTTNSGFGGGYYGSNGQFASNQDSSNVGQHGGDFGGSFEENFKNADGENDAFVRRA 617
       

Annotation information


Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Cca03g00660 617 MobiDBLite consensus disorder prediction 532 560 - -
Cca03g00660 617 PANTHER TRANSFORMER-2-RELATED 1 183 - -
Cca03g00660 617 MobiDBLite consensus disorder prediction 532 549 - -
Cca03g00660 617 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 39 151 IPR035979 GO:0003676
Cca03g00660 617 MobiDBLite consensus disorder prediction 572 617 - -
Cca03g00660 617 PANTHER - 1 183 - -
Cca03g00660 617 MobiDBLite consensus disorder prediction 572 592 - -
Cca03g00660 617 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 45 115 IPR000504 GO:0003723
Cca03g00660 617 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 43 121 IPR000504 GO:0003723
Cca03g00660 617 SMART rrm1_1 44 117 IPR000504 GO:0003723
Cca03g00660 617 Gene3D - 12 136 IPR012677 -
Cca03g00660 617 PRINTS Eggshell protein signature 270 281 - -
Cca03g00660 617 PRINTS Eggshell protein signature 332 347 - -
Cca03g00660 617 PRINTS Eggshell protein signature 357 367 - -
Cca03g00660 617 PRINTS Eggshell protein signature 391 409 - -
       

Duplication type information


Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Cca03g00660 Cca-Chr3 11905392 11909204 Wgd
       

Functional genes information


Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Cca03g00660 41 122 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT3G16380 43.529 3.12e-09 57.8
       

Pathway information


Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Cca03g00660 K12741 - ccaj:109815980 304.679
       

Event-related genes


Select Gene_1 Chr_1 Start_1 End_1 Gene_2 Chr_2 Start_2 End_2 Event_name
Cca03g00660 03 11905392 11909204 Cca03g00660 03 11905392 11909204 ECH