Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Apr8g1146 ATGGCGGTTTCTACGAAATGGGTCCTCGGTGCATGTTCTTTGTGGCTTCTGGTGCTGTTCATTGGAGAAGAAGCCATGGCCGCACCACAGATCTCTCTGCTCAGAAATGTTGAAGTTGAAAAACACAGGTTGCCGAGCTTGAAGAACTCATCAATGGTGGCGAGGGCAGAAGAGGCTGAGAGATTAAATGGACGTGCTGCAGTGGCAAACCCAGAGGAGGTGGTTTCCATGGTTGAAATGAGCATTAAGAACAGCACAGAGAGAAGGAAGCTGGGATTTTTCTCCTGTGGAACAGGAAACCCAATTGATGATTGCTGGCGTTGTGACCCCAATTGGCAGCGGAACCGGAAGCGTCTTGCAGATTGTGGCATTGGTTTTGGAAGAAATGCAATTGGCGGTCGTGATGGAAAGTACTATGTGGTGACGGACCCAAGAGATGATGACCCTGTTAACCCAAAACCAGGAACTTTGCGCCATGCTGTGATCCAGGACAAGCCTCTGTGGATTGTGTTCAAGAGGGACATGGTTATTCAGCTGAAGCAGGAGCTGATTATGAACAGCTTCAAGACCATTGATGGGAGAGGAGTGAATGTGCACATTGCTAATGGGGCATGCATAACAATTCAGTATGTTACCAATGTCATCATACATGGCTTGCACATCCATGATTGCAAACCCACCGGGAATGCCATGGTGAGGAGCTCCCCTAGTCACTTTGGGTGGAGGACAATGGCTGATGGTGATGCCATCTCCATATTTGGCTCAAGCCACATTTGGGTTGATCACAACTCCTTGTCCCATTGTGCTGATGGCCTTGTGGATGCTGTCATGGGCTCAACAGCCATAACAATTTCTAACAACCACTTTACCCACCACAATGAGGTGATTCTTCTGGGCCACAGTGACTCCTACACAAGGGACAAGCAAATGCAAGTCACCATTGCATACAACCATTTTGGAGAGGGACTTATCCAGAGAATGCCACGGTGTAGACATGGATATTTCCACGTGGTGAACAATGACTACACTCATTGGGAGATGTATGCTATTGGTGGAAGTGCTAACCCCACCATTAACAGCCAGGGCAACCGGTACAATGCTCCTGTGAACCCTTTTGCCAAGGAGGTAACTAAGAGAGTGGAAACGGCTGAAACTGAATGGAAGGGTTGGAATTGGAGGTCAGAGGGAGATTTGTTGCTGAATGGTGCTTACTTCACCCCATCAGGAGCTGGAGCTTCAGCCAGCTATGCCAGGGCCTCTAGCTTAGGAGCAAAATCTTCTTCCATGGTGGGTTCCATGACTTCCAATGCTGGTGCACTTGGTTGCCGTAGAGGCCGCCAGTGCTAG 1347 0.49 MAVSTKWVLGACSLWLLVLFIGEEAMAAPQISLLRNVEVEKHRLPSLKNSSMVARAEEAERLNGRAAVANPEEVVSMVEMSIKNSTERRKLGFFSCGTGNPIDDCWRCDPNWQRNRKRLADCGIGFGRNAIGGRDGKYYVVTDPRDDDPVNPKPGTLRHAVIQDKPLWIVFKRDMVIQLKQELIMNSFKTIDGRGVNVHIANGACITIQYVTNVIIHGLHIHDCKPTGNAMVRSSPSHFGWRTMADGDAISIFGSSHIWVDHNSLSHCADGLVDAVMGSTAITISNNHFTHHNEVILLGHSDSYTRDKQMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSANPTINSQGNRYNAPVNPFAKEVTKRVETAETEWKGWNWRSEGDLLLNGAYFTPSGAGASASYARASSLGAKSSSMVGSMTSNAGALGCRRGRQC* 449
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Apr8g1146 448 Gene3D - 99 441 IPR012334 -
Apr8g1146 448 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 74 442 IPR011050 -
Apr8g1146 448 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 12 445 IPR045032 GO:0030570
Apr8g1146 448 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 122 139 IPR018082 -
Apr8g1146 448 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 146 171 IPR018082 -
Apr8g1146 448 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 182 198 IPR018082 -
Apr8g1146 448 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 246 267 IPR018082 -
Apr8g1146 448 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 326 345 IPR018082 -
Apr8g1146 448 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 348 367 IPR018082 -
Apr8g1146 448 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 390 414 IPR018082 -
Apr8g1146 448 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 419 442 IPR018082 -
Apr8g1146 448 Pfam Pectate lyase 181 363 IPR002022 -
Apr8g1146 448 PANTHER PECTATE LYASE 12 445 - -
Apr8g1146 448 SMART amb_all 174 371 IPR002022 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Apr8g1146 Apr-Chr8 16374565 16379692 Dispersed/Transposed
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Apr8g1146 30 448 Polysaccharide Lyase AT4G13710 79.953 0.0 721
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Apr8g1146 K01728 - gmx:100808253 846.654
       

Event-related genes

Select Gene_1 Chr_1 Start_1 End_1 Gene_2 Chr_2 Start_2 End_2 Event_name
Apr8g1146 8 16374565 16379692 Apr8g1146 8 16374565 16379692 ECH