Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Apr1g0980 ATGGCTTTACTTGGTAGAGTTGGGCATATACTGAGGCAAGCAACGAATAAGAAGATCAGTTCAGAGTTATGTTTATTTCCATCTGTTTTCCAAACTATACGGTGCATGTCAAATGCTCCAAGTTCAAGGCTGTATATAGGAGGTGTCTCATATTCTACTGATGAGCAAAGTTTGAGGGAAGTTTTCTCAAAGTATGGCCAAGTTGTTGATGCGAGGATAGTCATGGATCGTGAAACTGGTAGGTCCAGAGGATTTGGCTTTATTACTTATGATACAGTTGAGGAGGCTTCAAGTGCCCTTCAGGCCTTGGATGGACAGGATCTGCATGGTCGCCAGGTTAGGGTAAACTTTGCTAATGAAAGACCACGTGGATTTGGTGGTGGTGGTGGTTTTGATGGATCGTATGGCAGCGCTCCCTATGGTGCTGGAGCTGGCACTGGATATCCAGCTAATTATGGTAACTCTCCATATGGTGCTGCTACTAGTGGTGGGTATGGTAATACTGGTGGTGGCAATGCCACTGGAGGTTATGGCAGTGGTGGATATGGCGAAGGTGGCTATGGATCAGGTGGGAATTTAGGGGTCAGCAGCTCTGGCAGTAACTATGGTGATTCTGGTGCCTATGGTGGCAATGCTGCTGGGGGTTATGGTAGCAGTGGAGGTGGCAATGCCACTGGAGGTTATGGCAGTGGTGGATATGGCTATGGATCAGCTGGGAATTTAGGGGTCAGCAGCTCTGGCAGTAACTATGGTGATTCTGGTGCCTGTGGCGGCAATGCTGCTGGGGGATATGGTAGCAGTGGATATGGTGGAGGTGACATTGGTTCAGGTGGCAATTTTGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTCTGGCAATAAATATAGTGATGCCGGTGCCTATGGTGGCAATGTTACTGGAAGTTATGGAGCCAGTGGATATGGTGGAGGGTCAGGTGGCAATTTAGGGGGCAGCAGCTCTGGCAATAACTATGGTGATGCCAGTGCCTACGGGGGCAATGCTGCTGGAGGTTATGGCAGCAGTGGATATGGTGGAGGGTCAGGTGGCAATTTAGGGGGAAGCAGCTCTGTAAGTAAATATGGTGCTGGTGGTGGTTATAGTGGAAGTGGAATGAATTGCTGGAATGGTGGTAGCTTTTCAAGTGGAAACACTTGCAAGGATGGAACAATTGGAGAAAGTAGCACCGGTAACTATGGTAGTGCTCCTGGTGGTGGTTATGGTAGCTATGGCACTGCTGCTGGATTTGGTGGTAGCGGTAGTTATGGAAGTGCTGGTAGTGGTGGCAGTATTGCCAGTAGTCAATACTCTGGAAGTGTCGTGGGGTATGGCAGGGGTGGTTCTGGTACAGGCAGCAGCCTTGGCGGTGGACATGATGGAAGTGGAGTACTTGGATATGGCAGCAGTGGCCAAATTGGGAGCAATCAAAACAGCAATGTGGGTGAACATGGTAGAGATTTTGGAGGTTCATTTGAAGAAAATTTCAGGAACGACTATTGTGAAACTAATGCCTTTGCTAAACGAGCTTGA 1539 0.488 MALLGRVGHILRQATNKKISSELCLFPSVFQTIRCMSNAPSSRLYIGGVSYSTDEQSLREVFSKYGQVVDARIVMDRETGRSRGFGFITYDTVEEASSALQALDGQDLHGRQVRVNFANERPRGFGGGGGFDGSYGSAPYGAGAGTGYPANYGNSPYGAATSGGYGNTGGGNATGGYGSGGYGEGGYGSGGNLGVSSSGSNYGDSGAYGGNAAGGYGSSGGGNATGGYGSGGYGYGSAGNLGVSSSGSNYGDSGACGGNAAGGYGSSGYGGGDIGSGGNFGSSSSSSSGNKYSDAGAYGGNVTGSYGASGYGGGSGGNLGGSSSGNNYGDASAYGGNAAGGYGSSGYGGGSGGNLGGSSSVSKYGAGGGYSGSGMNCWNGGSFSSGNTCKDGTIGESSTGNYGSAPGGGYGSYGTAAGFGGSGSYGSAGSGGSIASSQYSGSVVGYGRGGSGTGSSLGGGHDGSGVLGYGSSGQIGSNQNSNVGEHGRDFGGSFEENFRNDYCETNAFAKRA* 513
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Apr1g0980 512 CDD RRM_HP0827_like 43 119 - -
Apr1g0980 512 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 42 120 IPR000504 GO:0003723
Apr1g0980 512 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 38 147 IPR035979 GO:0003676
Apr1g0980 512 SMART rrm1_1 43 116 IPR000504 GO:0003723
Apr1g0980 512 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 44 114 IPR000504 GO:0003723
Apr1g0980 512 MobiDBLite consensus disorder prediction 470 486 - -
Apr1g0980 512 Gene3D - 27 136 IPR012677 -
Apr1g0980 512 PANTHER - 1 194 - -
Apr1g0980 512 SMART rrm2_1 43 116 IPR003954 GO:0003676
Apr1g0980 512 PANTHER TRANSFORMER-2-RELATED 1 194 - -
Apr1g0980 512 MobiDBLite consensus disorder prediction 468 497 - -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Apr1g0980 Apr-Chr1 14839721 14843130 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Apr1g0980 44 124 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT3G16380 32.927 5.16e-06 47.4
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Apr1g0980 K12741 - ccaj:109815980 218.009
       

Event-related genes

Select Gene_1 Chr_1 Start_1 End_1 Gene_2 Chr_2 Start_2 End_2 Event_name
Apr1g0980 1 14839721 14843130 Apr1g0980 1 14839721 14843130 ECH