Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Alju13g1378 ATGGATAGGAGGAACCAAAACGACATCCAGTTGATTCCCGAGTGTCTACACTCCCATAGAGACATTGCGAAGCACGGAAAGATTATAGGGATGGCTTTCTTTGGTAGAGTTGGGAATATACTAAGACAGGCTGCAAATAAGCAGCTCAGTTCGGAGTTACGCTCAGCTCCATCTATTTTCCAGGCTATACGATGCATGTCATCTGCTGCAAGTTCAAGGGTGTTTGTAGGAGGACTGTCATATTCTACTGATGAACAAAGTTTGAGTGAAGCTTTTGAGAAATATGGTCAAGTAGTTGATGCAAGGGTAATTATGGATCGTGACTCTGGAAGATCTAGAGGATTTGCCTTTGTCACATTCACATCAGTTGAGGAGGCATCAAGTGCTATTCAGGCCTTAGATGGACAGGATCTTCATGGTCGCCGAGTCCGGGTAAATTATGCTAACGAAAGGCCTCAATATGGTGGTGGCGGGGGCGGCGGTTTTGGTGGTTCTTATGGCAATGCTCCATATGGTGCTGGTGCTGGCTATGGAGGTGGTTATGGTAACCCTCCCTATGGTGGTTCTGGTGCATATGGTGGCAATGCTGCTGGAGGTTATGGTGGTGGTGGATATGGTGGAGGAAGCTATGGACCAAGTGGCGATTTTGGTGGCAGCACTGGCAATAACTATGCTTCTAACAATTTTGGAGCTGGGGCTGCAGGTGGCAGTTTTGGAAATGATGGTAACTTTGCTGGTGGAAGCCCTTATGCTGGTGGAAGTGGTGGAGGATATGGTGGTAACAGTGGAAGTGGAGCTGCTGCTGACAGCTTTGGAACTGGAAATACTGGTGGTAGCTTTGGCAGAACCAATTATGCAAATGATGGGAACTTTGCAAGCGGAAGCACTCACGCTGGTGGCAGCGGTGGGGGCTTTGGTGGTGATAGTGGGAACTTTGCGAGTGGAAGCACTCATGCTGGTGGCAGCGGTGGGGGCTTTGGTGGTGATAGTGGGAACTTTGCGAGTGGAAGCACATATGCTGGTGGCAGCAGTGGAAACTTTGGTGTTTCTGGTGGTGGTGGAGGTAGTGATGACTATGGAAGTGCTTCTAGTTTTGGCGGTGCTGCTGCAAGTGGTGGCAGTGATAGTTTTGGCAGTGCTGCTGGATTTGGCAGCAGTGGTAACTTTGGCAGTTCGGCTGATTTTGGTAGCAGTGGTGGCCCAGGTTCAGGCAGCGGCTTTGCTGGTGGATATGGAGACATTGGCAGCAGTGGTCGATTGGATGGCAAAGAAAGCAACAATATAGGTCAGGATGTTGGAGATTTTGGGACAAAAGAGGAAAACTTCCGGGACGATGATGATGATGATGCTGGTAATTTTGCCAAAAGAGCTTGA 1374 0.4905 MDRRNQNDIQLIPECLHSHRDIAKHGKIIGMAFFGRVGNILRQAANKQLSSELRSAPSIFQAIRCMSSAASSRVFVGGLSYSTDEQSLSEAFEKYGQVVDARVIMDRDSGRSRGFAFVTFTSVEEASSAIQALDGQDLHGRRVRVNYANERPQYGGGGGGGFGGSYGNAPYGAGAGYGGGYGNPPYGGSGAYGGNAAGGYGGGGYGGGSYGPSGDFGGSTGNNYASNNFGAGAAGGSFGNDGNFAGGSPYAGGSGGGYGGNSGSGAAADSFGTGNTGGSFGRTNYANDGNFASGSTHAGGSGGGFGGDSGNFASGSTHAGGSGGGFGGDSGNFASGSTYAGGSSGNFGVSGGGGGSDDYGSASSFGGAAASGGSDSFGSAAGFGSSGNFGSSADFGSSGGPGSGSGFAGGYGDIGSSGRLDGKESNNIGQDVGDFGTKEENFRDDDDDDAGNFAKRA 457
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Alju13g1378 457 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 87F-RELATED 51 251 - -
Alju13g1378 457 SMART rrm2_1 73 146 IPR003954 GO:0003676
Alju13g1378 457 FunFam Glycine-rich RNA-binding protein 3, mitochondrial 42 192 - -
Alju13g1378 457 Gene3D - 41 167 IPR012677 -
Alju13g1378 457 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 72 150 IPR000504 GO:0003723
Alju13g1378 457 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 74 144 IPR000504 GO:0003723
Alju13g1378 457 SMART rrm1_1 73 146 IPR000504 GO:0003723
Alju13g1378 457 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 70 182 IPR035979 GO:0003676
Alju13g1378 457 MobiDBLite consensus disorder prediction 390 457 - -
Alju13g1378 457 CDD RRM2_NsCP33_like 73 148 - -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Alju13g1378 Alju-ChrAlju13 32503437 32506270 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Alju13g1378 70 152 C2H2 Transcription Factor Family AT2G19380 34.940 1.17e-10 61.6